贵州都司(旧有层台、重安二千户所，俱革。旧有平伐长官司，后隶贵阳府。旧有平浪、九名九姓独山州二长官司，后隶都匀府。)
贵州卫永宁卫普定卫平越卫乌撒卫普安卫赤水卫威清卫兴隆卫新添卫清平卫平坝卫安庄卫龙里卫安南卫都匀卫毕节卫贵州前卫旧无，后设)黄平千户所普市千户所重安千户所安龙千户所白撒千户所摩泥千户所关索岭千户所阿落密千户所平夷千户所安南千户所乐民千户所七星关千户所
土官
新添长官司小平伐长官司把平寨长官司丹平长官司丹行长官司(已上属新添卫)杨义长官司(属平越卫)大平伐长官司(属龙里卫)
◎中军都督府
○在京
留守中卫神策卫应天卫和阳卫(俱南京旧卫，永乐十八年调)牧马千户所(南京旧所调)蕃牧千户所(添设)
在外
△直隶
扬州卫高邮卫仪真卫淮安卫镇海卫滁州卫徐州卫苏州卫太仓卫金山卫新安卫泗州卫寿州卫邳州卫大河卫沂州卫安庆卫宿州卫(旧为千户所)潼关卫(已下旧属河南都司)归德卫武平卫镇江卫(已下添设)庐州卫六安卫徐州左卫建阳卫汝宁千户所松江中千户所青村中前千户所南汇嘴中后千户所嘉兴中左千户所(在府)吴淞江千户所宝山千户所刘河堡中千户所崇明沙千户所兴化千户所通州千户所泰州千户所盐城千户所东海中千户所海州中前千户所莒州千户所
中都留守司
凤阳卫凤阳中卫凤阳右卫皇陵卫留守左卫留守中卫长淮卫怀远卫洪塘千户所
河南都司(旧有洛阳中护卫，后并汝州卫。)
河南卫弘农卫陈州卫睢阳卫宣武卫信阳卫彰德卫南阳卫怀庆卫颍川卫南阳中护卫(已下添设)汝州卫颍上千户所禹州千户所(旧名钧州，后改)嵩县千户所卫辉前千户所林县千户所邓州前千户所唐县右千户所周府仪卫司唐府仪卫司伊府仪卫司赵府仪卫司郑府仪卫司崇府仪卫司徽府仪卫司赵府群牧所郑府群牧所崇府群牧所徽府群牧所
◎前军都督府
○在京
留守前卫龙骧卫豹韬卫(俱南京旧卫，永乐十八年分调)
在外
△直隶
九江卫
湖广都司(旧有武昌右千户所，革。)
武昌卫武昌左卫黄州卫永州卫岳州卫蕲州卫施州卫辰州卫常德卫沅州卫宝庆卫沔阳卫长沙卫衡州卫茶陵卫镇远卫偏桥卫
清浪卫(已上三卫在贵州境)平溪卫五开卫九溪卫靖州卫永定卫宁远卫(已下添设)铜鼓卫武昌护卫襄阳护卫郴州千户所麻寮千户所添平千户所安福千户所忠州千户所(在四川境)大庸千户所桂阳千户所武冈千户所澧州千户所宁溪千户所常宁千户所镇溪千户所桃川千户所枇杷千户所锦田千户所宁远千户所江华千户所城步千户所天柱千户所汶溪千户所宜章千户所广安千户所大田千户所黎平千户所中潮千户所新化千户所新化亮寨千户所隆里千户所(已上五所在贵州境)平茶千户所平茶屯千户所铜鼓千户所楚府仪卫司荆府仪卫司雍府仪卫司荣府仪卫司岷府仪卫司吉府仪卫司荆府群牧所雍府群牧所荣府群牧所吉府群牧所
土官
永顺军民宣慰使司(属都司)腊惹洞长官司麦著黄洞长官司驴迟洞长官司施溶溪长官司白崖洞长官司田家洞长官司(已上属永顺宣慰司)保靖州军民宣慰使司(属都司)五寨长官司筸子坪长官司(俱属保靖宣慰司)施南宣抚司(属施州卫)东乡五路安抚司(属施南宣抚司)摇把洞长官司上爱茶峒长官司下爱茶峒长官司镇远蛮夷长官司隆奉蛮夷长官司(俱属东乡五路安抚司)忠孝安抚司(属施南)忠路安抚司(属施南)金峒安抚司(属施南)剑南长官司(属忠路)西坪蛮夷长官司(属金峒)散毛宣抚司(属施州卫)龙潭安抚司大旺安抚司(俱属散毛)东流蛮夷长官司腊璧峒蛮夷长官司(俱属大旺)忠建宣抚司(属施州卫忠峒安抚司)高罗安抚司(属忠建)木册长官司(属高罗)镇南长官司唐崖长官司容美宣抚司(俱属施州卫)椒山玛瑙长官司五峰石宝长官司水尽源通塔平长官司石梁下峒长官司(俱属容美)桑植安抚司(属九溪)臻剖六洞横波等处长官司(属镇远卫)
湖广行都司(以湖广都司卫所改设)
荆州卫荆州左卫荆州右卫瞿塘卫襄阳卫襄阳护卫安陆卫郧阳卫夷陵千户所德安千户所枝江千户所长宁千户所远安千户所竹山千户所均州千户所房县千户所忠州千户所辽府仪卫司襄府仪卫司兴府仪卫司
兴都留守司
承天卫(旧安陆卫，嘉靖十八年改)沔阳卫(旧属都司，嘉靖二十一年改)显陵卫(旧为荆州左卫，嘉靖十八年改)德安千户所(旧属行都司，嘉靖二十一年改)
福建都司
福州中卫福州左卫福州右卫兴化卫泉州卫漳州卫福宁卫镇东卫平海卫永宁卫镇海卫大金千户所(巳下添设)定海千户所梅花千户所万安千户所莆禧千户所福全千户所金门千户所中左千户所高浦千户所浦城千户所六鳌千户所铜山千户所玄锺千户所崇武千户所南诏千户所龙岩千户所
福建行都司
建宁左卫建宁右卫延平卫邵武卫汀州卫将乐千户所武平千户所(已下添设)永安千户所上杭千户所浦城千户所
江西都司
南昌卫(正德十六年，以左、前二卫并改)袁州卫赣州卫吉安千户所(旧为卫)饶州千户所安福千户所会昌千户所永新千户所南安千户所建昌千户所抚州千户所铅山千户所广信千户所信丰千户所宁府仪卫司淮府仪卫司益府仪卫司淮府群牧所益府群牧所
广东都司
广州前卫广州后卫广州左卫广州右卫南海卫潮州卫雷州卫海南卫清远卫惠州卫肇庆卫广海卫(已下添设)砀石卫神电卫廉州卫(旧千户所)新会千户所韶州千户所南雄千户所龙川千户所程乡千户所德庆千户所新兴千户所阳江千户所高州千户所儋州千户所新宁千户所万州千户所崖州千户所增城千户所东莞千户所(已下添设)大鹏千户所香山千户所连州千户所河源千户所长乐千户所平海千户所海丰千户所捷胜千户所甲子门千户所大城千户所海门千户所靖海千户所蓬州千户所澄海千户所广宁千户所四会千户所阳春千户所海朗千户所双鱼千户所宁川千户所信宜千户所石城千户所永安千户所钦州千户所灵山千户所海康千户所乐民千户所海安千户所锦囊千户所清澜千户所昌化千户所南山千户所泷水千户所从化千户所封门千户所函口千户所富霖千户所
◎后军都督府
○在京
留守后卫鹰扬卫兴武卫(俱南京旧卫，永乐十八年分调)大宁中卫大宁前卫会州卫(俱北平行都司旧卫)富峪卫(已下添设，并北平山西等卫改调)宽河卫(旧大宁后卫)神武左卫神武后卫(改昭陵卫)忠义左卫忠义右卫忠义前卫忠义后卫义勇中卫义勇左卫义勇右卫义勇前卫义勇后卫武成中卫蔚州左卫