六月朔，诏告天下，改安南为交阯，设三司：以都督佥事吕毅掌都司事，黄中副之，前工部侍郎张显宗、福建布政司左参政王平为左、右布政使，前河南按察使阮友彰为按察使，裴伯耆授右参议，又命尚书黄福兼掌布、按二司事。设交州、北江、谅江、三江、建平、新安、建昌、奉化、清化、镇蛮、谅山、新平、演州、乂安、顺化十五府，分辖三十六州，一百八十一县。又设太原、宣化、嘉兴、归化、广威五州，直隶布政司，分辖二十九县。其他要害，咸设卫所控制之。乃敕有司，陈氏诸王被弑者咸予赠谥，建祠治冢，各置洒扫二十户。宗族被害者赠官，军民死亡暴露者瘗埋之。居官者仍其旧，与新除者参治。黎氏苛政一切蠲除，遭刑者悉放免。礼待高年硕德。鳏寡孤独无告者设养济院。怀才抱德之彦敦遣赴京。又诏访求山林隐逸、明经博学、贤良方正、孝弟力田、聪明正直、廉能干济、练达吏事、精通书算、明习兵法及容貌魁岸、诏言便利、膂力勇敢、阴阳术数、医药方脉诸人，悉以礼敦致，送京录用。于是张辅等先后奏举九千余人。九月，季犛、苍父子俘至阙下，与伪将相胡杜等悉属吏。赦苍弟卫国大王澄、子芮，所司给衣食。
六年六月，辅等振旅还京，上交阯地图，东西一千七百六十里，南北二千八百里。安抚人民三百一十二万有奇，获蛮人二百八万七千五百有奇，象、马、牛二十三万五千九百有奇，米粟一千三百六十万石，船八千六百七十余艘，军器二百五十三万九千八百。于是大行封赏，辅进英国公，晟黔国公，余叙赉有差。
时中朝所置吏，务以宽厚辑新造，而蛮人自以非类，数相惊恐。陈氏故官简定者，先降，将遣诣京师，偕其党陈希葛逃去，与化州伪官邓悉、阮帅等谋乱。定乃僣大号，纪元兴庆，国曰大越。出没乂安、化州山中，伺大军还，即出攻盘滩咸子关，扼三江府往来孔道，寇交州近境。慈廉、威蛮、上洪、天堂、应平、石室诸州县皆向应，守将屡出讨，皆无功。事闻，命沐晟为征夷将军，统云南、贵州、四川军四万人，由云南征讨。而遣使赍敕招降者予世官。贼不应，晟与战生厥江，大败，吕毅及参赞尚书刘俊死之。
七年，败书闻，益发南畿、浙江、江西、福建、湖广、广东、广西军四万七千人，从英国公辅征之。辅以贼负江海，不利陆师，乃驻北江仙游，大造战舰，而抚诸遭寇逋播者，遂连破慈廉、广威诸营栅。侦其党邓景异扼南策州卢渡江太平桥，乃进军咸子关。伪金吾将军阮世每众二万，对岸立寨栅，列船六百余艘，树桩东南以扞蔽。时八月，西北风急，辅督陈旭、朱广、俞让、方政等舟齐进，炮矢飙发，斩首三千级，生擒伪监门将军潘低等二百余人，获船四百余艘。遂进击景异，景异先走，乃定交州、北江、谅江、新安、建昌、镇蛮诸府。追破景异太平海口，获其党范必栗。
时阮帅等推简定为太上皇，别立陈季扩为帝，纪元重光。乃遣使自称前安南王孙，求封爵。辅叱斩之，由黄江、阿江、大安海口至福成江，转入神投海口，尽去贼所树桩栅。十余日抵清化，水陆毕会。定已奔演州，季扩走乂安，帅、景异等亦散亡。于是驻军，捕余党。定走美良县吉利栅，辅等穷追及之。定走入山，大索不得，遂围之，并其伪将相陈希葛、阮汝励、阮晏等俱就擒。
先是，贼党阮师桧僣王，与伪金吾上将军杜元措等据东潮州安老县之宜阳社，众二万余人。八年正月，辅进击之，斩首四千五百余级，擒其党范支、陈原卿、阮人柱等二千余人，悉斩之，筑京观。辅将班师，言：“季扩及党阮帅、胡具、邓景异等尚在演州、晙安，逼清化。而邓熔塞神投福成江口，据清化要路，出没乂安诸处。若诸军尽还，恐沐晟兵少不敌。请留都督江浩，都指挥俞让、花英、师祐等军，佐晟守御。”从之。五月，晟追季扩至虞江，贼弃栅遁。追至古灵县及会潮、灵长海口，斩首三千余级，获伪将军黎弄。季扩大蹙，奉表乞降。帝心知其诈，姑许之，诏授交阯布政使，阮帅、胡具、邓景异、邓熔并都指挥，陈原樽右参政，潘季祐按察副使。诏既下，念贼无悛心，九年复命辅督军二万四千，合晟军讨之。贼据月常江，树桩四十余丈，两崖置栅二三里，列船三百余艘，设伏山右。秋，辅、晟等水陆并进，阮帅、胡具、邓景异、邓钅容等来拒。辅令朱广等连舰拔桩以进，自率方政等以步队剿其伏兵，水陆夹攻。贼大败，帅等皆散走。生擒伪将军邓宗稷、黎德彝、阮忠、阮轩等，获船百二十艘。辅乃督水军剿季扩，闻石室、福安诸州县伪龙虎将军黎蕊等断锐江浮桥阻生厥江交州后卫道路，遂往征之。蕊及范慷来拒，蕊中矢死。斩伪将军阮陀，获伪将军杨汝梅、防御使冯翕，斩首千五百级，追杀余贼殆尽。慷及杜个旦、邓明、阮思瑊等亦就擒。