二十年，应龙诣重庆对簿，坐法当斩，请以二万金赎。御史张鹤鸣方驳问，会倭大入朝鲜，征天下兵，应龙因奏辨，且愿将五千兵征倭自赎，诏释之。兵已启行，寻报罢。巡抚王继光至，严提勘结，应龙抗不出。张时照等复诣奏阙下，继光用兵之议遂决。二十一年，继光至重庆，与总兵刘承嗣等分兵三道进娄山关，屯白石口。应龙佯约降，而统苗兵据关冲击。承嗣兵败，杀伤大半。会继光论罢，即撤兵，委弃辎重略尽。黔师协剿，亦无功。时四川新抚谭希忠与贵州镇、抚再议剿，御史薛继茂主抚。应龙上书自白，遣其党携金入京行间，执原奏何恩诣綦江县。
二十二年，以兵部侍郎刑玠总督贵州。二十三年，玠至蜀，察永宁、酉阳皆应龙姻媾，而黄平、白泥久为仇仇，宜剪其枝党。乃檄应龙，谓当待以不死。会水西宣慰安疆臣请父国亨恤典，兵部尚书石星手札示疆臣，趣应龙就吏得贳，疆臣奉札至播招应龙。时七姓恐应龙出得除罪，而四方亡命窜匿其间，又幸龙反，因以为利，驿传文移，辄从中阻。玠檄重庆知府王士琦诣綦江，趣应龙安稳听勘。应龙使弟兆龙至安稳，治邮舍，储糒叩头郊迎，致饩牵如礼，言：“应龙缚渠魁，待罪松坎。所不敢至安稳者，恐堕安稳仇民不测祸也，幸请至松坎受事。”士琦曰，“松坎亦曩奏勘地。”即单骑往。应龙果面缚道旁，泣请死罪，愿执罪人，献罚金，得自比安国亨。国亨者，曩亦被讦惧罪不出界，故应龙引之。士琦为请于玠，许之，应龙乃缚献黄元等十二人。案验，抵应龙斩，论赎，输四万金助采木，仍革职，以子朝栋代，次子可栋羁府追赎，黄元等斩重庆市，总督以闻。时倭气未靖，兵部欲缓应龙，事东方，朝廷亦以应龙向有积劳，可其奏，于松坎设同知治焉，以士琦为川东兵备副使弹治之。应龙获宽，益怙终不悛。寻可栋死于重庆，益痛恨。促丧归不得，复檄完赎，大言曰：“吾子活，银即至矣。”拥兵驱千余僧招魂去。分遣土目，署关据险。厚抚诸苗，名其健者为硬手；州人稍殷厚者，没入其赀以养苗。苗人咸愿为出死力。
二十四年，应龙残余庆，掠大阡、都坝，焚劫草塘、余庆二司及兴隆、都匀各卫。又遣其党围黄平，戮重安长官家，势复大炽。二十五年流劫江津及南川，临合江，索其仇袁子升，缒城下，磔之。时兵备王士琦调征倭，应龙益统苗兵，大掠贵州洪头、高坪、新村诸屯。已，又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。诇原奏仇民宋世臣、罗承恩等挈家匿偏桥卫，袭破之。大索城中，戮其父母，淫其妻女，备极惨酷。
二十七年，贵州巡抚江东之令都司杨国柱部卒三千剿应龙，夺三百落。贼佯北，诱师歼焉，国柱等尽死。东之罢，以郭子章代，而起李化龙节制川、湖、贵州诸军事，调东征诸将刘綎、麻贵、陈璘、董一元南征。时应龙乘大兵未集，勒兵犯綦江。城中新募兵不满三千，贼兵八万奄至，游击张良贤巷战死，綦江陷。应龙尽杀城中人，投尸蔽江，水为赤。益结九股生苗及黑脚苗等为助，屯官坝，声窥蜀。已，遂焚东坡、烂桥，楚、黔路梗。
二十八年，应龙五道并出，破龙泉司。时总督李化龙已移驻重庆，征兵大集，遂以二月十二月誓师，分八路进。每路约三万人，官兵三之，土司七之，旗鼓甲仗森列，苗大惊。总兵刘綎破其前锋，杨朝栋仅以身免，贼胆落。遂连克桑木、乌江、河渡三关，夺天都、三百落诸囤。贼连败，乃乘隙突犯乌江，诈称水西陇澄会哨，诱永顺兵，断桥，淹死将卒无算。寻綎破九盘，入娄山关。关为贼前门，万峰插天，中通一线。綎从间道攀藤毁栅入，陷焉。四月朔，师屯白石，应龙率诸苗决死战。綎亲勒骑冲中坚，分两翼夹击，败之。追奔至养马城，连破龙爪、海云险囤，压海龙囤，贼所倚天险，谓飞鸟腾猿不能逾者。时偏沅师已破青蛇囤，安疆臣亦夺落濛关，至大水田，焚桃溪庄。贼见势急，父子相抱哭，上囤死守，每路投降文缓师。总兵吴广入崖门关，营水牛塘，与贼力战三日，却之。贼诡令妇人于囤上拜表痛哭云：“田氏且降。”复许为应龙仰药死报广，广轻信按兵。已，觇贼诈，益厉兵攻，烧二关，夺贼樵汲路。八路师大集海龙囤，遂筑长围，更番迭攻。贼知必死。会化龙闻父丧，诏以縗墨视师。化龙念贼前囤险不能越，令马孔英率勍兵并力攻其后。天苦雨，将士驰泥淖中苦战。六月四日，天忽霁，綎先士卒，克土城。应龙益迫，散金募死土拒战，无应者。起，提刀巡垒，见四面火光烛天，大兵已登囤，破土城入。应龙仓皇同爱妾二阖室缢，且自焚。吴广获其子朝栋，急觅应龙尸，出焰中。贼平。计出师至灭贼，百十有四日，八路共斩级二万余，生获朝栋等百余人。化龙露布以闻，献俘阙下彩应龙尸，磔朝栋、兆龙等于市。播州自唐入杨氏，传二十九世，八百余年，至应龙而亡。三十一年，播州余逆吴洪、卢文秀等叛，总兵李应祥等讨平之。分播地为二，属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府。