福王立，仍故官。四镇不和，元吉请奉诏宣谕。又请发万金犒高杰于扬州，谕以大义，令保江、淮。乃渡江诣诸将营。杰与黄得功、刘泽清方争扬州，元吉与得功书，令共奖王室。得功报书如元吉指，乃录其藁示泽清、杰，嫌渐解。廷议以元吉能辑诸镇，擢太仆少卿，监视江北军务。元吉身在外，不忘朝廷，数有条奏。请修建文实录，复其尊称，并还懿文追尊故号，祀之寝园，以建文配，而速褒靖难死事诸臣，及近日北都四方殉难者，以作忠义之气。从之。又言：
先帝天资英武，锐意明作，而祸乱益滋。宽严之用偶偏，任议之途太畸也。
先帝初惩逆珰用事，委任臣工，力行宽大。诸臣狃之，争意见之异同，略绸缪之桑土，敌入郊圻，束手无策。先帝震怒，宵小乘间，中以用严。于是廷杖告密，加派抽练，使在朝者不暇救过，在野者无复聊生，庙堂号振作，而敌强如故，寇祸弥张。十余年来，小人用严之效如是。先帝亦悔，更从宽大，悉反前规，天下以为太平可致。诸臣复竞贿赂，肆欺蒙，每趋愈下，再撄先帝之怒，诛杀方兴，宗社继殁。盖诸臣之孽，每乘于先帝之宽；而先帝之严，亦每激于诸臣之玩。臣所谓宽严之用偶偏者此也。
国步艰难，于今已极。乃议者求胜于理，即不审势之重轻；好伸其言，多不顾事之损益。殿上之彼己日争，阃外之从违遥制，一人任事，众口议之。如孙传庭守关中，识者俱谓不宜轻出，而已有以逗挠议之者矣。贼既渡河，臣语史可法、姜曰广急撤关、宁吴三桂兵，随枢辅迎击。先帝召对时，群臣亦曾及此，而已有以蹙地议之者矣。及贼势燎原，廷臣或劝南幸，或劝皇储监国南都，皆权宜善计，而已有以邪妄议之者矣。由事后而观，咸追恨议者之误国。倘事幸不败，必共服议者之守经。大抵天下事，无全害亦无全利，当局者非朴诚通达，谁敢违众独行；旁持者竞意气笔锋，必欲强人从我。臣所谓任议之途太畸者此也。
乞究前事之失，为后事之师，以宽为体，以严为用。盖崇简易、推真诚之谓宽，而滥赏纵罪者非宽；辨邪正、综名实之谓严，而钩距索隐者非严。宽严得济，任议乃合。仍请于任事之人，严核始进，宽期后效，无令行间再踵藏垢，边才久借然灰，收之以严，然后可任之以宽也。诏褒纳之。
明年五月，南京覆，走福建，归唐王。六月，我大清兵已取南昌、袁州、临江、吉安。逾月，又取建昌。惟赣州孤悬上游，兵力单寡。会益府永宁王慈炎招降峒贼张安，所号龙武新军者也，遣复抚州。南赣巡抚李永茂乃命副将徐必达扼泰和，拒大兵。未几，战败，至万安，遇永茂。永茂遂奔赣。
八月，叛将白之裔入万安，江西巡抚旷昭被执，知县梁于涘死之。于涘，江都人。崇祯十六年进士。时唐王诏适至赣，永茂乃与杨廷麟、刘同升同举兵。未几，王召永茂为兵部右侍郎，以张朝綖代。甫任事，擢元吉兵部右侍郎兼右副都御史，总督江西、湖广诸军，召朝綖还，以同升代。元吉至赣，同升已卒，遂以元吉兼巡抚。
顺治三年三月，廷麟将朝王，元吉代守吉安。初，崇祯末，命中书舍人张同敞调云南兵，至是抵江西，两京已相继失，因退还吉安。廷麟留与共守，用客礼待之。其将赵印选、胡一青频立功，而元吉约束甚严，诸将渐不悦。时有广东兵亦以赴援至。而新军张安者，汀、赣间峒贼四营之一，骁勇善战，既降，有复抚州功，且招他营尽降。元吉以新军足恃也，蔑视云南、广东军，二军皆解体。然安卒故为贼，居赣淫掠，遣援湖西，所过残破。及是，大兵逼吉安，诸军皆内携，新军又在湖西。城中军不战溃，城遂破。元吉退屯皂口，檄谕赣州极言云南兵弃城罪，其众遂西去。四月，大兵逼皂口，元吉不能御，入赣城。大兵乘胜抵城下。给事中杨文荐奉命湖南，过赣，入城共守御，城中赖之。文荐，元吉门生也。
元吉素有才，莅事精敏。及失吉安，士不用命，昏然坐城上，对将吏不交一言。隔河大营遍山麓，指为空营。兵民从大营中至，言敌势盛，辄叱为间谍，斩之。江西巡抚刘远生令张琮者，将兵趋湖东。及赣围急，远生自出城，召琮于雩都。赣人曰“抚军遁矣”，怒焚其舟，拘远生妻子。俄远生率琮兵至，赣人乃大悔。琮军渡河，抵梅林，中伏大败，还至河，争舟，多死于水。远生愤甚，五月朔，渡河再战，身先士卒，遇大兵，被获，复逃归。而新军先往湖西者，闻吉安复失，仍还雩都。廷麟躬往邀之，与大兵战梅林，再败，乃散遣其军，而身入城，与元吉同守。自远生败，援军皆不敢前。六月望，副将吴之蕃以广东兵五千至，围渐解，未几复合，城中守如初。