时柄国者悉忠贤遗党，疏入，以论奏不当责之。于是维垣复疏驳元璐。元璐再疏曰：
臣前疏原为维垣发也。陛下明旨曰：“分别门户，已非治征”，曰“化异为同”，曰“天下为公”，而维垣则倡为孙党、赵党、熊党、邹党之说。是陛下于方隅无不化，而维垣实未化；陛下于正气无不伸，而维垣不肯伸。
维垣怪臣盛称东林，以东林尝推李三才而护熊廷弼也。抑知东林有力击魏忠贤之杨涟，首劾崔呈秀之高攀龙乎！忠贤穷凶极恶，维垣犹尊称之曰“厂臣公”、“厂臣不爱钱”、“厂臣知为国为民”，而何责乎三才？五彪五虎之罪，刑官仅拟削夺，维垣不驳正，又何诛乎廷弼？维垣又怪臣盛称韩爌。夫舍爌昭然忤珰之大节，而加以罔利莫须有之事，已为失平。至廷弼行贿之说，乃忠贤借以诬陷清流，为杨、左诸人追赃地耳，天下谁不知，维垣犹守是说乎？维垣又怪臣盛称文震孟。夫震孟忤珰削夺，其破帽策蹇傲蟒玉驰驿语，何可非？维垣试观数年来破帽策蹇之辈，较超阶躐级之俦，孰为荣辱。自此义不明，畏破帽策蹇者，相率而颂德建祠，希蟒玉驰驿者呼父、呼九千岁而不怍，可胜叹哉！维垣又怪臣盛称邹元标。夫谓都门聚讲为非则可，谓元标讲学有他肠则不可。当日忠贤驱逐诸人，毁废书院者，正欲箝学士大夫之口，恣行不义耳。自元标以伪学见驱，而逆珰遂以真儒自命，学宫之内，俨然揖先圣为平交。使元标诸人在，岂遂至此！维垣又驳臣假借矫激。夫当崔、魏之世，人皆任真率性，颂德建祠。使有一人假借矫激，而不颂不建，岂不犹赖是人哉！维垣以为真小人，待其贯满可攻去之，臣以为非计也。必待其贯满，其败坏天下事已不可胜言，虽攻去之，不已晚乎！即如崔、魏，贯满久矣，不遇圣明，谁攻去之？维垣终以无可奈何为颂德建祠者解，臣以为非训也。假令呈秀一人舞蹈称臣于逆珰，诸臣亦以为无可奈何而从之乎？又令逆珰以兵劫诸臣使从叛逆，诸臣亦靡然从之，以为无可奈何而然乎？维垣又言“今日之忠直，不当以崔、魏为对案”，臣谓正当以崔、魏为对案也。夫人品试之崔、魏而定矣，故有东林之人，为崔、魏所恨其牴触、畏其才望而必欲杀之逐之者，此正人也。有攻东林之人，虽为崔、魏所借，而劲节不阿，或远或逐者，亦正人也。以崔、魏定邪正，犹以明镜别妍媸。维垣不取证于此，而安取证哉！
总之东林之取憎于逆珰独深，其得祸独酷。在今日当曲原其被抑之苦，不当毛举其尺寸之瑕。乃归逆珰以首功，代逆珰而分谤，斯亦不善立论者矣。
疏入，柄国者以互相诋訾两解之。当是时，元凶虽殛，其徒党犹盛，无敢颂言东林者。自元璐疏出，清议渐明，而善类亦稍登进矣。
元璐寻进侍讲。其年四月，请毁《三朝要典》，言：“梃击、红丸、移宫三议，哄于清流，而《三朝要典》一书，成于逆竖。其议可兼行，其书必当速毁。盖当事起议兴，盈廷互讼。主梃击者力护东宫，争梃击者计安神祖。主红丸者仗义之言，争红丸者原情之论。主移宫者弭变于几先，争移宫者持平于事后。数者各有其是，不可偏非。总在逆珰未用之先，虽甚水火，不害埙篪，此一局也。既而杨涟二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则借三案。经此二借，而三案全非矣。故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父，又一局也。网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧其翻局。崔、魏诸奸始创立私编，标题《要典》，以之批根今日，则众正之党碑；以之免死他年，即上公之铁券。又一局也。由此而观，三案者，天下之公议；《要典》者，魏氏之私书。三案自三案，《要典》自《要典》也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，惟有毁之而已。”帝命礼部会词臣详议。议上，遂焚其板。侍讲孙之獬，忠贤党也，闻之，诣阁大哭，天下笑之。
元璐历迁南京司业、右中允。四年，进右谕德，充日讲官，进右庶子。上制实八策：曰间插部，曰缮京邑，曰优守兵，曰靖降人，曰益寇饷，曰储边才，曰奠辇毂，曰严教育。又上制虚八策：曰端政本，曰伸公议，曰宣义问，曰一条教，曰虑久远，曰昭激劝，曰励名节，曰假体貌。其端政本，悉规切温体仁；其伸公议，则诋张捷荐吕纯如谋翻逆案事。捷大怒，上疏力攻，元璐疏辨，帝俱不问。八年，迁国子祭酒。