文震孟建言获谴，论救甚力。三年，以山东平妖贼功，加少师、太子太师。时叶向高当国，爌次之。及杨涟劾魏忠贤二十四大罪，忠贤颇惧，求援于爌。爌不应，忠贤深衔之。既向高罢，爌为首辅，每事持正，为善类所倚。然向高有智术，笼络群奄，爌惟廉直自持，势不能敌。而同官魏广微又深结忠贤，遍引邪党。其冬，忠贤假会推事逐赵南星、高攀龙，爌急率朱国祯等上言：“陛下一日去两大臣，臣民失望。且中旨径宣，不复到阁，而攀龙一疏，经臣等拟上者，又复更易，大骇听闻，有伤国体。”忠贤益不悦，传旨切责。未几，又逐杨涟、左光斗、陈于廷，朝政大变，忠贤势益张。
故事，阁中秉笔止首辅一人。广微欲分其柄，嘱忠贤传旨，谕爌同寅协恭，而责次辅毋伴食。爌惶惧，即抗疏乞休。略言：“臣备位纶扉，咎愆日积。如诘戎宜先营卫，而观兵禁掖，无能纾宵旰忧。忠直尚稽召还，而榜掠朝堂，无能回震霆怒。后先诸臣之罢斥，谕旨中出之纷更，不能先时深念，有调剂之方，又不能临事执持，为封还之戆。皆臣罪之大者。皇上释此不问，责臣以协恭，责同官以协赞。同官奉诏以从事，臣欲补过无由矣。乞亟褫臣官，为佐理溺职之戒。”得旨：“卿亲承顾命，当竭忠尽职。乃归非于上，退有后言。今复悻悻求去，可驰驿还籍。”诸辅臣请如故事，加以体貌，不报。爌疏谢，有“左右前后务近端良，重纶綍以重仕途，肃纪纲以肃朝宁”语。忠贤及其党益恨。爌去，朱国祯为首辅。李蕃攻去之，顾秉谦代其位。公卿庶僚，皆忠贤私人矣。
五年七月，逆党李鲁生劾爌，削籍除名。又假他事坐赃二千，毙其家人于狱。爌鬻田宅，贷亲故以偿，乃栖止先墓上。
庄烈帝登极，复故官。崇祯元年，言者争请召用，为逆党杨维垣等所扼，但赐敕存问，官其一子。至五月，始遣行人召之。十二月还朝，复为首辅。帝御文华后殿阅章奏，召爌等，谕以拟旨务消异同，开诚和衷，期于至当。爌等顿首谢，退言：“上所谕甚善，而密勿政机，诸臣参互拟议，不必显言分合。至臣等晨夕入直，势不能报谢宾客。商政事者，宜相见于朝房，而一切禁私邸交际。”帝即谕百僚遵行。
二年正月，大学士刘鸿训以张庆臻敕书事被重谴，爌疏救，不听。温体仁讦钱谦益，御史任赞化亦疏讦体仁。帝召见廷臣，体仁力诋赞化及御史毛羽健为谦益死党。帝怒，切责赞化。爌请宽赞化以安体仁。帝因谓：“进言者不忧国而植党，自名东林，于朝事何补？”爌退，具揭言：“人臣不可以党事君，人君亦不可以党疑臣。但当论其才品臧否，职业修废，而黜陟之。若戈矛妄起于朝堂，畛域横分于宫府，非国之福也。”又率同官力救赞化，不纳。皇长子生，请尽蠲天下积逋，报可。
时大治忠贤党，爌与李标、钱龙锡主之。列上二百六十二人，罪分六等，名曰“钦定逆案”，颁行天下。言者争击吏部尚书王永光，南京礼部主事王永吉言之尤力。帝怒，将罪之。爌等言永吉不宥，永光必不安，乃止夺俸一年。工部尚书张凤翔奏厂、库积弊。帝怒，召对廷臣诘责。巡视科道王都、高赉明二人力辨，帝命锦衣官执之，爌、标、龙锡并救解。而是日永光以羽健疏劾，请帝究主使者。爌退，申救都等，因言永光不宜请究言官。帝不纳，然羽健卒获免。
初，熊廷弼既死，传首九边，尸不得归葬。至是，其子诣阙疏请。爌等因言：“廷弼之死，由逆奄欲杀杨涟、魏大中，诬以行贿，因尽杀涟等，复悬坐廷弼赃银十七万，刑及妻孥，冤之甚者。”帝乃许收葬。
时辽事急，朝议汰各镇兵。又以兵科给事中刘懋疏，议裁驿卒。帝以问爌，爌言：“汰兵止当清占冒及增设冗兵尔。冲地额兵不可汰也。驿传疲累，当责按臣核减，以苏民困，其所节省，仍还之民。”帝然之。御史高捷、史褷以罪免，永光力引之。都御史曹于汴持不可，永光再疏争。爌言，故事当听都察院咨用。帝方眷永光，不从。九月，以将行庆典，请停秋决，亦不从。
时逆案虽定，永光及袁弘勋、捷、褷辈日为翻案计。至十月，大清兵入畿甸，都城戒严。初，袁崇焕入朝，尝与钱龙锡语边事。龙锡，东林党魁也，永光等谋因崇焕兴大狱，可尽倾东林。倡言大清兵之入，由崇焕杀毛文龙所致。捷遂首攻龙锡，逐之。明年正月，中书舍人加尚宝卿原抱奇故由输赀进，亦劾爌主款误国，招寇欺君，郡邑残破，宗社阽危，不能设一策，拔一人，坐视成败，以人国侥幸，宜与龙锡并斥。其言主款者，以爌，崇焕座主也。帝重去爌，贬抱奇秩。无何，左庶子丁进以迁擢愆期怨爌，亦劾之，而工部主事李逢申劾疏继上。爌即三疏引疾。诏赐白金彩币，驰驿遣行人护归，悉如彝典。进、逢申并爌会试所举士也。爌先后作相，老成慎重。引正人，抑邪党，天下称其贤，独尝庇王永光云。十七年春，李自成陷蒲州，迫爌出见，不从。贼执其孙以胁。广止一孙，乃出见，贼释其孙。爌归，愤郁而卒，年八十矣。