寻召为吏部左侍郎，迁南京吏部尚书。帝以晓知兵，改右都御史协理戎政。寻拜刑部尚书。俺答围大同右卫急，帝命兵部尚书杨博往督大师，乃以晓摄兵部。晓言：“今兵事方棘，而所简听征京军三万五千人，乃令执役赴工，何以备战守？乞归之营伍。”帝立从之。
寻还视刑部事。严嵩势益炽。晓素不善嵩。而其时大狱如总督王忬以失律，中允郭希颜以言事，晓并予轻比，嵩则置重典。南都叛卒周山等杀侍郎黄懋官，海寇汪直通倭为乱，晓置重典，嵩故宽假之。惟巡抚阮鹗、总督杨顺、御史路楷，以嵩曲庇，晓不能尽法，议者讥其失出云。故事，在京军民讼，俱投牒通政司送法司问断。诸司有应鞫者，亦参送法司，无自决遣者。后诸司不复遵守，狱讼纷拿。晓奏循故事，帝报许，于是刑部间捕囚畿府。而巡按御史郑存仁谓讼当自下而上，檄州县，法司有追取，毋辄发。晓闻，率侍郎赵大祐、傅颐守故事争，存仁亦据律执奏。章俱下都察院会刑科平议。议未上，晓疏辨。嵩激帝怒切让，遂落晓职，两侍郎亦贬二秩。
晓通经术，习国家典故，时望蔚然。为权贵所扼，志不尽行。既归，角巾布衣与乡里父老游处，见者不知其贵人也。既卒，子履淳等讼晓御倭功于朝，诏复职。隆庆初，赠太子少保，谥端简。履淳自有传。
赞曰：李钺诸人皆以威略干济显于时。钺与王宪、王以旂之治军旅，李承勋、范钅之画边计，才力均有过人者。胡世宁奋不顾身，首发奸逆，危言正色，始终一节。《易》称“王臣蹇蹇”，世宁近之矣。王邦瑞抵抗权幸，踬而复起，郑晓谙悉掌故，博洽多闻，兼资文武，所在著效，亦不愧名臣云。