二十四年八月，一魁兴工未竣，复条上分淮导黄事宜十事。十月，河工告成，直隶巡按御史蒋春芳以闻，复条上善后事宜十六事。乃赏赉一魁等有差。是役也，役夫二十万，开桃源黄河坝新河，起黄家嘴，至安东五港、灌口，长三百馀里，分泄黄水入海，以抑黄强。辟清口沙七里，建武家墩、高良涧、周家桥石闸，泄淮水三道入海，且引其支流入江。於是泗陵水患平，而淮、扬安矣。
然是时一魁专力桃、清、淮、泗间，而上流单县黄堌口之决，以为不必塞。鈇及春芳皆请塞之。给事中李应策言：“漕臣主运，河臣主工，各自为见。宜再令析议。”一魁言：“黄堌口一支由虞城、夏邑接砀山、萧县、宿州至宿迁，出白洋河，一小支分萧县两河口，出徐州小浮桥，相距不满四十里。当疏浚与正河会，更通镇口闸里湖之水，与小浮桥二水会，则黄堌口不必塞，而运道无滞矣。”从之。於是议浚小浮桥、沂河口、小河口以济徐、邳运道，以泄砀、萧漫流，掊归仁堤以护陵寝。
是时，徐、邳复见清、泗运道不利，鈇终以为忧。二十五年正月，复极言黄堌口不塞，则全河南徙，害且立见。议者亦多恐下啮归仁，为二陵患。三月，小浮桥等口工垂竣，一魁言：
“运道通利，河徙不相妨，已有明验。惟议者以祖陵为虑，请徵往事折之。洪武二十四年，河决原武，东南至寿州入淮。永乐九年，河北入鱼台。未几复南决，由涡河经怀远入淮。时两河合流，历凤、泗以出清口，未闻为祖陵患。正统十三年，河北冲张秋。景泰中，徐有贞塞之，复由涡河入淮。弘治二年，河又北冲，白昂、刘大夏塞之，复南流，一由中牟至颍、寿，一由亳州至涡河入淮，一由宿迁小河口会泗。全河大势纵横颍、亳、凤、泗间，下溢符离、睢、宿，未闻为祖陵虑，亦不闻堤及归仁也。
正德三年后，河渐北徙，由小浮桥、飞云桥、谷亭三道入漕，尽趋徐、邳，出二洪，运道虽济，而泛溢实甚。嘉靖十一年，朱裳始有涡河一支中经凤阳祖陵未敢轻举之说。然当时犹时浚祥符之董盆口、宁陵之五里铺、荥泽之孙家渡、兰阳之赵皮寨，又或决睢州之地丘店、界牌口、野鸡冈，宁陵之杨村铺，俱入旧河，从亳、凤入淮，南流未绝，亦何尝为祖陵患？
嘉靖二十五年后，南流故道始尽塞，或由秦沟入漕，或由浊河入漕。五十年来全河尽出徐、邳，夺泗入淮。而当事者方认客作主，日筑堤而窘之，以致河流日壅，淮不敌黄，退而内潴，遂贻盱、泗祖陵之患。此实由内水之停壅，不由外水之冲射也。万历七年，潘季驯始虑黄流倒灌小河、白洋等口，挟诸河水冲射祖陵，乃作归仁堤为保障计，复张大其说，谓祖陵命脉全赖此堤。习闻其说者，遂疑黄堌之决，下啮归仁，不知黄堌一决，下流易泄，必无上灌之虞。况今小河不日竣工，引河复归故道，云归仁益远，奚烦过计为？”报可。
一魁既开小浮桥，筑义安山，浚小河口，引武沂泉济运。及是年四月，河复大决黄堌口，溢夏邑、永城，由宿州府离桥出宿迁新河口入大河，其半由徐州入旧河济运。上源水枯，而义安束水横坝复冲二十馀丈，小浮桥水脉微细，二洪告涸，运道阻涩。一魁因议挑黄堌口迤上埽湾、淤嘴二处，且大挑其下李吉口北下浊河，救小浮桥上流数十里之涸。复上言：“黄河南旋至韩家道、盘岔河、丁家庄，俱岸阔百丈，深逾二丈，乃铜帮铁底故道也。至刘家洼，始强半南流，得山西坡、永涸湖以为壑，出溪口入符离河，亦故道也。惟徐、邳运道浅涸，所以首议开小浮桥，再加挑辟，必大为运道之利。乃欲自黄堌挽回全河，必须挑四百里淤高之河身，筑三百里南岸之长堤，不惟所费不赀，窃恐后患无已。”御史杨光训等亦议挑埽湾直渠，展济浊河，及筑山西坡归仁堤，与一魁合，独鈇异议。帝命从一魁言。
一魁复言：“归仁在西北，泗州在东南，相距百九十里，中隔重冈叠嶂。且归仁之北有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟、小河口泄入运河，势如建瓴，即无归仁，祖陵无足虑。浊河淤垫，高出地上，曹、单间阔一二百丈，深二三丈，尚不免横流，徐、邳间仅百丈，深止丈馀，徐西有浅至二三尺者，而夏、永、韩家道口至符离，河阔深视曹、单，避高就下，水之本性，河流所弃，自古难复。且运河本籍山东诸泉，不资黄水，惟当仿正统间二洪南北口建闸之制，於镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸，节宣汶、泗，而以小浮桥、沂河口二水助之，更於镇口西筑坝截黄，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤镇口之害，实万全计也。”报可。
二十六年春，从杨光训等议，撤鈇，命一魁兼管漕运。六月，召一魁掌部事，命刘东星为工部侍郎，总理河漕。
二十七年春，东星上言：“河自商、虞而下，由丁家道口抵韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，出小浮桥下二洪，乃贾鲁故道也。自元及我朝行之甚利。嘉靖三十七年北徙浊河，而此河遂淤。潘季驯议复开之，以工费浩繁而止。今河东决黄堌，由韩家道口至赵家圈百馀里，冲刷成河，即季驯议复之故道也。由赵家圈至两河口，直接三仙台新渠，长仅四十里，募夫五万浚之，逾月当竣，而大挑运河，小挑浊河，俱可节省。惟李吉口故道尝挑复淤，去冬已挑数里，前功难弃，然至镇口三百里而遥，不若赵家圈至两河口四十里而近。况大浮桥已建闸蓄汶、泗之水，则镇口济运亦无藉黄流。”报可。十月，功成，加东星工部尚书，一魁及馀官赏赉有差。
初，给事中杨廷兰因黄堌之决，请开泇河，给事中杨应文亦主其说。既而直隶巡按御史佴祺复言之。东星既开赵家圈，复采众说，凿泇河，以地多沙石，工未就而东星病。河既南徙，李吉口淤氵殿日高，北流遂绝，而赵家圈亦日就淤塞，徐、邳间三百里，河水尺馀，粮艘阻塞。
二十九年秋，工科给事中张问达疏论之。会开、归大水，河涨商丘，决萧家口，全河尽南注。河身变为平沙，商贾舟胶沙上。南岸蒙墙寺忽徙置北岸，商、虞多被淹没，河势尽趋东南，而黄堌断流。河南巡抚曾如春以闻，曰：“此河徙，非决也。”问达复言：“萧家口在黄堌上流，未有商舟不能行於萧家口而能行於黄堌以东者，运艘大可虑。”帝从其言，方命东星勘议，而东星卒矣。问达复言：“运道之坏，一因黄堌口之决，不早杜塞；更因并力泇河，以致赵家圈淤塞断流，河身日高，河水日浅，而萧家口遂决，全河奔溃入淮，势及陵寝。东星已逝，宜急补河臣，早定长策。”大学士沈一贯、给事中桂有根皆趣简河臣。