初，吴元年置御史台，设左、右御史大夫，(从一品)御史中丞，(正二品)侍御史，(从二品)治书侍御史，(正三品)殿中侍御史，(正五品)察院监察御史，(正七品)经历，(从五品)都事，(正七品)照磨、管勾。(正八品)以邓愈、汤和为御史大夫，刘基、章溢为御史中丞，谕之曰：“国家立三大府，中书总政事，都督掌军旅，御史掌纠察。朝廷纪纲尽系于此，而台察之任尤清要。卿等当正己以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以纵奸，毋假公济私以害物。”洪武九年汰侍御史及治书、殿中侍御史。十年七月，诏遣监察御史巡按州县。十三年，专设左，右中丞，(正二品)左、右侍御史。(正四品)寻罢御史台。十五年更置都察院，设监察都御史八人，秩正七品。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史或五人或三、四人，秩正九品。每道铸印二，一畀御史久次者掌之，一藏内府，有事受印以出，既事纳之，文曰“绳愆纠缪”。以秀才李原名、詹徽等为都御史，吴荃等为试监察御史。(试御史，一年后实授。又有理刑进士、理刑知县，理都察院刑狱，半年实授。正德中革。)十六年，升都察院为正三品，设左、右都御史各一人，正三品，左、右副都御史各一人，正四品，左、右佥都御史各二人，正五品，经历一人，正七品，知事一人，正八品。十七年，升都御史正二品，副都御史正三品，佥都御史正四品，十二道监察御史正七品。二十三年，左副都御史袁泰言：“各道印篆相同，虑有诈伪。”乃更铸监察御史印曰“某道监察御史印”，其巡按印曰“巡按某处监察御史印”。建文元年，改设都御史一人，革佥都御史。二年，改为御史府，设御史大夫，改十二道为左、右两院，止设御史二十八人。成祖复旧制。永乐元年，改北平道为北京道。十八年，罢北京道，增设贵州、云南、交阯三道。洪熙元年，称行在都察院，同六部，又定巡按以八月出巡。宣德十年，罢交阯道，始定为十三道。正统中，去“行在”字。嘉靖中，以清屯，增副都御史三人，寻罢。隆庆中，以提督京营，增右都御史三人，寻亦罢。
总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道一员。太祖时，尝置京畿都漕运司，设漕运使。(洪武元年置漕运使，正四品，知事，正八品，提控案牍，从九品，属官监运，正九品，都纲，省注。十四年罢。)永乐间，设漕运总兵官，以平江伯陈瑄治漕。宣德中，又遣侍郎、都御史、少卿等官督运。至景泰二年，因漕运不断，始命副都御史王竑总督，因兼巡抚淮、扬、庐、凤四府，徐、和、滁三州，治淮安。成化八年，分设巡抚、总漕各一员。九年复旧。正德十三年又分设。十六年又复旧。嘉靖三十六年，以倭警，添设提督军务巡抚凤阳都御史。四十年归并，改总督漕运兼提督军务。万历七年加兼管河道。
总督蓟辽、保定等处军务兼理粮饷一员。嘉靖二十九年置。先是，蓟、辽有警，间遣重臣巡视，或称提督。至是以边患益甚，始置总督，开府密云，辖顺天、保定、辽东三巡抚，兼理粮饷。万历九年加兼巡抚顺天等处。十一年复旧。天启元年，置辽东经略。(经略之名，起于万历二十年宋应昌暨后杨镐。至天启元年，又以内阁孙承宗督师经略山海关，称枢辅。)崇祯四年并入总督。十一年又增设总督于保定。
总督宣大、山西等处军务兼理粮饷一员。正统元年，始遣佥都御史巡抚宣大。景泰二年，宣府、大同各设巡抚，遣尚书石璞总理军务。成化、弘治间，有警则遣。正德八年设总制。嘉靖初，兼辖偏、保。二十九年，去偏、保，定设总督宣大、山西等处衔。三十八年令防秋日驻宣府。四十三年，移驻怀来。隆庆四年，移驻阳和。
总督陕西三边军务一员。弘治十年，火筛入寇，议遣重臣总督陕西、甘肃、延绥、宁夏军务，乃起左都御史王越任之。十五年以后，或设或罢。至嘉靖四年，始定设，初称提督军务。七年改为总制。十九年避制字，改为总督，开府固原，防秋驻花马池。
总督两广军务兼理粮饷带管盐法兼巡抚广东地方一员。永乐二年，遣给事中雷填巡抚广西。十九年，遣郭瑄、艾广巡抚广东。景泰三年，苗寇起，以两广宜协济应援，乃设总督。成化元年，兼巡抚事，驻梧州。正德十四年，改总督为总制，寻改提督。嘉靖四十五年，另设广东巡抚，改提督为总督，止兼巡抚广西，驻肇庆。隆庆三年，又设广西巡抚，除兼职。四年，革广东巡抚，改为提督两广军务兼理粮饷，巡抚广东。万历三年，仍改总督，加带管盐法。
总督四川、陕西、河南、湖广等处军务一员。正德五年设，寻罢。嘉靖二十七年，以苗患，又设总督四川、湖广、贵州、云南等处军务。四十二年罢。天启元年，以土官奢崇明反，又设四川、湖广、云南、贵州、广西五省总督。四年，兼巡抚贵州。
总督浙江、福建、江南兼制江西军务一员。嘉靖三十三年，以倭犯杭州置。四十一年革。
总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务一员。崇祯七年置，或兼七省。十二年后，俱以内阁督师。
总督凤阳地方兼制河南、湖广军务一员。崇祯十四年设。
总督保定地方军务一员。崇祯十一年设。
总督河南、湖广军务兼巡抚河南一员。崇祯十六年设。
总督九江地方兼制江西、湖广军务一员。崇祯十六年设。
总理南直隶、河南、山东、湖广、四川军务一员。崇祯八年设，以卢象升为之，与总督或分或并。
总理河漕兼提督军务一员。永乐九年遣尚书治河，自后间遣侍郎、都御史。成化后，始称总督河道。正德四年，定设都御史。嘉靖二十年，以都御史加工部职衔，提督河南、山东、直隶河道。隆庆四年，加提督军务。万历五年，改总理河漕兼提督军务。八年革。
总理粮储提督军务兼巡抚应天等府一员。宣德五年，初命侍郎总督粮储兼巡抚。景泰四年，定遣都御史。嘉靖三十三年，以海警，加提督军务，驻苏州。万历中，移驻句容，已复驻苏州。
巡抚浙江等处地方兼提督军务一员。永乐初，遣尚书治两浙农事。以后或巡视或督鹾，有事则遣。嘉靖二十六年，以海警，始命都御史巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉海道地方，提督军务。二十七年，改巡抚为巡视。二十八年罢。三十一年复设。
巡抚福建地方兼提督军务一员。嘉靖二十六年，既设浙江巡抚兼辖福、兴、漳、泉等处，三十五年，以闽、浙道远，又设提督军务兼巡福、兴、漳、泉、福宁海道都御史。后改巡抚福建，统辖全省。