永乐元年，以北平为北京，置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。(吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。刑曹，郎中一人，员外郎一人，主事四人，照磨、检校各一人，司狱一人。寻户曹亦增设主事三人。)后又分置六部，各称行在某部。十八年定都北京，罢行部及六曹，以六部官属移之北，不称行在。其留南京者，加“南京”字。洪熙元年，复置各部官属于南京，去“南京”字，而以在北京者加“行在”字，仍置行部。宣德三年复罢行部。正统六年，于北京去“行在”字，于南京仍加“南京”字，遂为定制。景泰中，吏部尝设二尚书。天顺初，复罢其一。
按吏部尚书，表率百僚，进退庶官，铨衡重地，其礼数殊异，无与并者。永乐初，选翰林官入直内阁。其后大学士杨士奇等加至三孤，兼尚书衔，然品叙列尚书蹇义、夏原吉下。景泰中，左都御史王文升吏部尚书，兼学士，入内阁，其班位犹以原衔为序次。自弘治六年二月，内宴，大学士丘濬遂以太子太保、礼部尚书，居太子太保、吏部尚书王恕之上。其后由侍郎、詹事入阁者，班皆列六部上矣。
户部。尚书一人，(正二品)左、右侍郎各一人，(正三品)其属，司务厅，司务二人，(从九品)浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司，各郎中一人。(正五品。宣德以后增设山西司郎中三人，陕西、贵州、云南三司郎中各二人，山东司郎中一人。)员外郎一人，(从五品。宣德七年增设四川、云南二司员外郎各一人，后仍革。)主事二人，(正六品。宣德以后增设云南司主事七人，浙江、江西、湖广、陕西、福建、河南、山西七司主事各二人，山东、四川、贵州三司主事各一人。)照磨所，照磨一人，(正八品)检校一人，(正九品。)所辖，宝钞提举司，提举一人，(正八品)，副提举一人。(正九品)典史一人，(后副提举、典史俱革。)钞纸局，大使、副使各一人，(后革副使。)印钞局，大使、副使各一人，(后俱革。)宝钞广惠库，大使一人，(正九品，)副使二人，(从九品，嘉靖中革。)广积库，大使一人，(正九品，)副使一人，(从九品，)典史一人，(嘉靖中，副使、典史俱革。)赃罚库，大使一人，(正九品，)副使二人，(从九品，嘉靖中革。)甲字、乙字、丙字、丁字、戊字库，大使五人，(正九品，)副使六人，(从九品，丁字库二人，嘉靖中革一人，并革乙字、戊字二库副使。)广盈库，大使一人，(从九品)副使二人。(嘉靖中革。)外承运库，大使二人，(正九品)副使二人，(从九品。后大使、副使俱革。)承运库，大使一人，(正九品)副使一人。(从九品。嘉靖中革。)行用库，大使、副使各一人，(后俱革。)太仓银库，大使、副使各一人。(嘉靖中，革副使。)御马仓，大使一人，(从九品)副使一人。军储仓，大使一人，(从九品)副使一人，(后大使、副使俱革。)长安、东安、西安、北安门仓，各副使一人，(东安门仓旧二人，万历八年革一人。)张家湾盐仓检校批验所，大使、副使各一人。(隆庆六年并革。)
尚书，掌天下户口、田赋之政令。侍郎贰之。稽版籍、岁会、赋役实征之数，以下所司。十年攒黄册，差其户上下畸零之等，以周知其登耗。凡田土之侵占、投献、诡寄、影射有禁，人户之隐漏、逃亡、朋充、花分有禁，继嗣、婚姻不如令有禁。皆综核而纠正之。天子耕耤，则尚书进耒耜。以垦荒业贫民，以占籍附流民，以限田裁异端之民，以图帐抑兼并之民，以树艺课农官，以刍地给马牧，以召佃尽地利，以销豁清赔累，以拨给广恩泽，以给除差优复，以钞锭节赏赉，以读法训吏民，以权量和市籴，以时估平物价，以积贮之政恤民困，以山泽、陂池、关市、坑冶之政佐邦国，赡军输，以支兑、改兑之规利漕运，以蠲减、振贷、均籴、捕蝗之令悯灾荒，以输转、屯种、籴买、召纳之法实边储，以禄廪之制驭贵贱。(洪武二十五年，重定内外文武官岁给禄俸之制。正一品，一千四十四石。从一品，八百八十八石。正二品，七百三十二石。从二品，五百七十六石。正三品，四百二十石。从三品，三百一十二石。正四品，二百八十八石。从四品，二百五十二石。正五品，一百九十二石。从五品，一百六十八石。正六品，一百二十石。从六品，九十六石。正七品，九十石。从七品，八十四石。正八品，七十八石。从八品，七十二石。正九品，六十六石。从九品，六十石。未入流，三十六石。俱米钞本折兼支。)
十三司，各掌其分省之事，兼领所分两京、直隶贡赋，及诸司、卫所禄俸，边镇粮饷，并各仓场盐课、钞关。(浙江司带管在京羽林右、留守左、龙虎、应天、龙骧、义勇右、康陵七卫，神机营。江西司带管在京旗手、金吾前、金吾后、金吾左、济阳五卫。湖广司带管国子监、教坊司，在京羽林前、通州、和阳、豹韬、永陵、昭陵六卫，及兴都留守司。福建司带管顺天府，在京燕山左、武骧左、武骧右、骁骑右、虎贲右、留守后、武成中、茂陵八卫，五军、巡捕、勇士、四卫各营，及北直隶永平、保定、河间、真定、顺德、广平、大名七府，延庆、保安二州，大宁都司、万全都司，并北直隶所辖各卫所，山口、永盈、通济各仓。山东司带管在京锦衣、大宁中、大宁前三卫及辽东都司，两淮、两浙、长芦、河东、山东、福建各盐运司，四川、广东、海北、云南黑盐井、白盐井、安宁、五井各盐课提举司，陕西灵州盐课司，江西南赣盐税。山西司带管在京燕山前、镇南、兴武、永清左、永清右五卫，及宣府、大同、山西各镇。河南司带管在京府军前、燕山右、大兴左、裕陵四卫，牧马千户所及直隶潼关卫、蒲州千户所。陕西司带管宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、太仆寺、鸿胪寺、尚宝司、六科、中书舍人、行人司、钦天监、太医院、五城兵马司、京卫武学、文思院、皮作局，在京留守右、长陵、献陵、景陵四卫，神枢、随侍二营，及延绥、宁夏、甘肃、固原各镇。四川司带管在京府军后、金吾右、腾骧左、腾骧右、武德、神策、忠义后、武功中、武功左、武功右、彭城十一卫及应天府、南京四十九卫，南直隶安庆、苏州、松江、常州、镇江、徽州、宁国、池州、太平、庐州、凤阳、淮安、扬州十三府，徐、滁、和、广德四州，中都留守司并南直隶所辖各卫所。广东司带管在京羽林左、留守中、鹰扬、神武左、义勇前、义勇后六卫，蕃牧、奠靖二千户所。广西司带管太常寺、光禄寺、神乐观、牺牲所、司牲司、太仓银库、内府十库，在京沈阳左、沈阳右、留守前、宽河、蔚州左五卫，及二十三马房仓，各象房、牛房仓，京府各草场。云南司带管在京府军、府军左、府军右、虎贲左、忠义右、忠义前、泰陵七卫，及大军仓、皇城四门仓、并在外临清、德州、徐州、淮安、天津各仓。贵州司带管上林苑监，宝钞提举司，都税司，正阳门、张家湾各宣课司，德胜门、安定门各税课司，崇文门分司，在京济州、会州、富峪三卫，及蓟州、永平、密云、昌平、易州各镇，临清、许墅、九江、淮安、北新、扬州、河西务各钞关。)