十三年，南京太庙灾。礼部尚书湛若水请权将南京太庙香火并于南京奉先殿，重建太庙，补造列圣神主。帝召尚书言与群臣集议。言会大学士张孚敬等言：“国有二庙，自汉惠始。神有二主，自齐桓始。周之三都庙，乃迁国立庙，去国载主，非二庙二主也。子孙之身乃祖宗所依，圣子神孙既亲奉祀事于此，则祖宗神灵自当陟降于此。今日正当专定庙议，一以此地为根本。南京原有奉先殿，其朝夕香火，当合并供奉如常。太庙遗址当仿古坛墠遗意，高筑墙垣，谨司启闭，以致尊严之意。”从之。
时帝欲改建九庙。夏言因言：“京师宗庙，将复古制，而南京太庙遽灾，殆皇天列祖佑启默相，不可不灵承者。”帝悦，诏春和兴工。诸臣议于太庙南，左为三昭庙，与文祖世室而四，右为三穆庙。群庙各深十六丈有奇，而世室殿寝稍崇，纵横深广，与群庙等。列庙总门与太庙戟门相并，列庙后垣与太庙祧庙后墙相并。具图进。帝以世室尚当隆异，令再议。言等请增拓世室前殿，视群庙崇四尺有奇，深广半之；寝殿视群庙崇二尺有奇，深广如之。报可。十四年正月，谕阁臣：“今拟建文祖庙为世室，则皇考世庙字当避。”张孚敬言：“世庙著《明伦大典》，颁诏四方，不可改。文世室宜称太宗庙。其余群庙不用宗字，用本庙号，他日递迁，更牌额可也。”从之。二月，尽撤故庙改建之。诸庙各为都宫，庙各有殿有寝。太祖庙寝后有祧庙，奉祧主藏焉。太庙门殿皆南向，群庙门东西向，内门殿寝皆南向。十五年十二月，新庙成，更创皇考庙曰睿宗献皇帝庙。帝乃奉安德、懿、熙、仁四祖神主于祧庙，太祖神主于太庙，百官陪祭如仪。翌日，奉安太宗以下神主，列于群庙，命九卿正官及武爵重臣，俱诣太宗庙陪祭。文三品以上，武四品以上，分诣群庙行礼。又择日亲捧太祖神主，文武大臣捧七宗神主，奉安于景神殿。
二十年四月，太庙灾，成祖、仁宗主毁，奉安列圣主于景神殿。遣大臣诣长陵、献陵告题帝后主，亦奉安景神殿。二十二年十月，以旧庙基隘，命相度规制。议三上，不报。久之，乃命复同堂异室之旧，庙制始定。二十四年六月，礼部尚书费寀等以太庙安神，请定位次。帝曰：“既无昭穆，亦无世次，只序伦理。太祖居中，左四序成、宣、宪、睿，右四序仁、英、孝、武。皆南向。’七月，以庙建礼成，百官表贺，诏天下。新庙仍在阙左，正殿九间，前两庑，南戟门。门左神库，右神厨。又南为庙门，门外东南宰牲亭，南神宫监，西庙街门。正殿后为寝殿，奉安列圣神主，又后为祧庙，藏祧主，皆南向。
二十七年，帝欲祔孝烈皇后方氏于太庙，而祧仁宗。大学士严嵩、礼部尚书徐阶等初皆持不可，既而不能坚其议。二十九年十一月，祧仁宗，遂祔孝烈于西第四室。隆庆六年八月，穆宗将祔庙，敕礼臣议当祧庙室。礼科陆树德言：“宣宗于穆宗仅五世，请仍祔睿宗于世庙，而宣宗勿祧。”疏下礼部，部议宣宗世次尚近，祧之未安。因言：“古者以一世为一庙，非以一君为一世，故晋之庙十一室而六世，唐之庙十一室而九世。宋自太祖上追四祖至徽宗，始定为九世十一室之制，以太祖、太宗同为一世故也。其后徽宗祔以与哲宗同一世，高宗祔以与钦宗同一世，皆无所祧，及光宗升祔，增为九世十二室。今自宣宗至穆宗凡六世，上合二祖仅八世，准以宋制，可以无祧，但于寝殿左右各增一室，则尊祖敬宗，并行不悖矣。”帝命如旧敕行，遂祧宣宗。天启元年七月，光宗将祔庙。太常卿洪文衡请无祧宪宗，而祧睿宗。不听。
禘佩
洪武元年祫飨太庙。德祖皇考妣居中。南向。懿祖皇考妣东第一位，西向。熙祖皇考妣西第一位，东向。仁祖皇考妣东第二位，西向。七年，御史答禄与权言：“皇上受命七年而禘祭未举。宜参酌古今，成一代之典。”诏下礼部、太常司、翰林院议，以为：“虞、夏、商、周世系明白，故禘礼可行。汉、唐以来，莫能明其始祖所自出，当时所谓禘祭，不过祫已祧之祖而祭之，乃古之大祫，非禘也。宋神宗尝曰：‘禘者，所以审谛祖之所自出。’是则莫知祖之所自出，禘礼不可行也。今国家追尊四庙，而始祖所自出者未有所考，则禘难遽行。”太祖是其议。弘治元年，定每岁暮奉祧庙懿祖神座于正殿左，居熙祖上，行祫祭之礼。
嘉靖十年，世宗以禘祫义询大学士张璁，令与夏言议。言撰《禘义》一篇献之，大意谓：“自汉以下，谱牒难考，欲如虞夏之禘黄帝，商周之禘帝喾，不能尽合。谨推明古典，采酌先儒精微之论，宜为虚位以祀。”帝深然之。会中允廖道南谓朱氏为颛顼裔，请以《太祖实录》为据，禘颛顼。遂诏礼部以言、道南二疏，会官详议。诸臣咸谓：“称虚位者茫昧无据，尊颛顼者世远难稽。庙制既定高皇帝始祖之位，当禘德祖为正。”帝意主虚位，令再议。而言复疏论禘德祖有四可疑，且言今所定太祖为太庙中之始祖，非王者立始祖庙之始祖。帝并下其章。诸臣乃请设虚位，以禘皇初祖，南向，奉太祖配，西向。礼臣因言，大祫既岁举，大禘请三岁一行，庶疏数适宜。帝自为文告皇祖，定丙、辛岁一行，敕礼部具仪择日。四月，礼部上大禘仪注。前期告庙，致斋三日，备香帛牲醴如时享仪。锦衣卫设仪卫，太常卿奉皇初祖神牌、太祖神位于太庙正殿，安设如图仪。至日行礼，如大祀圜丘仪。及议祧德祖，罢岁除祭，以冬季中旬行大祫礼。太常寺设德祖神位于太庙正中，南向。懿祖而下，以次东西向。
十五年，复定庙飨制。立春犆享，各出主于殿。立夏、立秋、立冬出太祖、成祖七宗主，飨太祖殿，为时祫。季冬中旬，卜日出四祖及太祖、成祖七宗主，飨太祖殿，为大祫。祭毕，各归主于其寝。十七年定大祫祝文。九庙帝后谥号俱全书，时祫止书某祖、某宗某皇帝。更定季冬大祫日，奉德、懿、熙、仁及太祖异室皆南向，成祖西向北上，仁宗以下七宗东西相向。二十年十一月，礼官议，岁暮大祫，当陈祧主，而景神殿隘，请暂祭四祖于后寝，用连几，陈笾豆，以便周旋。诏可。二十二年，定时享、大祫，罢出主、上香、奠献等仪，临期捧衣冠出纳。太常及神宫监官奉行。二十四年，罢季冬中旬大祫，并罢告祭，仍以岁除日行大祫，礼同时享。二十八年，复告祭仪。穆宗即位，礼部以大行皇帝服制未除，请遵弘治十八年例，岁暮大祫、孟春时享两祭，皆遣官摄事。乐设而不作，帝即丧次致斋，陪祀官亦在二十七日之内，宜令暂免。从之。