李璮反，事连王文统。平章赵璧素忌希宪勋名，因言：“文统为张易、廉希宪荐引，遂至大用。且关中形胜之地，希宪得民心，有商挺，赵良弼为之辅。此事宜关圣虑。”帝曰：“希宪自幼事朕，朕知其心。挺、良弼皆正士，何虎焉。”蜀怜人费寅为同知兴元府事，后坐法当死，会赦免。希宪恶其为剑用。寅乃为飞语，谮希宪因李璮叛，亦治兵，潜蓄异志。帝惑之，命中书丞南合代希宪行省，且复验其事，卒无实。诏希宪还京师，陛见，奏曰：“方关陕叛乱，川蜀未宁，川蜀未宁，事急星火，臣随宜行事，不谋佐贰，罪止在臣，臣请逮系有司。”帝抚御床曰：“当时之言，天知之，朕知之，卿何罪！”慰谕良久。进拜中书平章政事。
一日夜半，召希宪入禁中，从容道藩邸旧事，因及赵璧所言。希宪曰：“昔攻鄂时，贾似道作木栅环城，一夕而成，陛下顾扈从诸臣曰：吾安得如似道者用之。刘秉忠、张易进曰：“山东王文统，才智士也，今为李璮幕僚。诏问臣，臣对；亦闻之，实未尝识其人。”帝意始释。
希宪在中书，振举纲维，综核名实，冗滥，裁抑伐幸，当时翕然称治。又建言：“国家自开创以来，凡纳土及始命之臣，咸令世守，至今将六十年，州县长吏皆其皂僮奴，宜更张之，使考课黜陟。”乃议行迁转法。
至元元年，丁母忧，率亲族行西丧礼，勺饮不入口者三日，恸则呕血，不能起，寝臣草土，庐于墓侧。宰执以忧制未定，欲劝之出。既至，闻号痛声，竟不忍言。未几，有诏夺情起复，希宪虽不敢违命，然出则素服从事，入必缞绖。及丧父，亦如之。
奸臣阿事马领左右碚，专总财赋。会其党相攻，帝命中书推覆，众畏其权，莫敢问。希宪穷治其事，以状闻。杖阿合马，罢所领归有司。帝谕希宪曰：“吏废法而贪，民朱业而逃，工不给用，财不赡费，先朝患此久矣。自卿等为相，朕无此忧。”对曰：“陛下圣犹舜，臣等未能以皋陶、稷、契之道，辅佐太平，实力溺职。今日小康，未足多也”因论及魏徵，对曰：“忠臣、良臣，何代无之。顾人主用不用尔。”有内侍传旨内朝堂，言某事当尔。希宪曰：“此阉宦预政之渐，不可启也。”遂入奏，杖之。
言者论丞相史天泽，亲党布列中外，威权日盛。诏罢天泽政事，使待鞫问。希宪进曰：“天泽事陛下久，知天泽深者，无如陛下。陛下以其可付大事，用为辅相，小人一旦有言，陛下当察其心迹，果有肆横不者乎？今日信臣，故臣敢进言。他日有论臣者，臣亦遭疑矣。臣等备员政府，陛下之疑信若此，何敢自保，天泽既罢亦当罢臣。”帝良久曰：“卿且退朕思之。”明日，帝召谕希宪，事遂解。
又论四川帅钦察者，帝敕中书遣使诛之。明日，希宪复奏。帝怒曰：“尚尔迟回耶！”对曰：“钦察大帅，以一小人言诛之，民心必骇，宜逮至京师，与论者廷对，然后明其罪于天下，诛之未晚。”诏遣使乾按问，事竟无实，钦察得免。
希宪每奏议帝前，论事激切无少回异。帝曰：“卿昔事朕王府，多所容受。今为天子臣，乃尔木强耶！”希宪对曰：“王府事轻，天下事重，一或面从，天下将受其害，臣蜚不自爱也。”
方士请炼大丹，敕中书给所需。希宪以秦、汉故事奏，且曰：“尧、舜之寿，不国大丹也。”帝曰：“然。”遂却之。时方尊礼国师，帝命希宪受戒。对曰：“臣受孔子戒矣。”帝曰：“孔子亦有戒耶？”对曰：“为臣当忠，为子当孝。孔子之戒，如是而已。
五年，始建御史台，继设各道提刑按察司。时阿合马专总财利，乃曰：“庶务责成诸路，钱谷付之转运，今如此绳治，事何由办？”希宪曰：“立台察，古制也，内则弹劾奸邪，外则访求民瘼，裨益国政，无大于此。若去之，使上下专瓷贪暴，事岂可集耶！阿合马不能对。七年，诏释京师系囚。西域人匿赞马丁用事先朝，资累巨万，为怨家所告，系大都狱，既释之矣，时希宪在告，实不预其事。是秋，车驾还自上都，怨家诉于帝，希宪取堂判补署之，曰：“天威莫测，岂可幸其不署以苟免耶。”希宪入见，以诏书为言。帝曰：“诏释囚耳，岂有诏释匿赞马丁耶？”对曰：“不释匿赞马丁，臣等亦未闻有此诏。”帝怒曰：“汝等号称读书，临事乃尔宜得何罪？”对曰：“臣等忝为宰相，有罪当罢退。”宰相，有罪当罢退。”帝曰：“但从汝言。”即与左丞相耶律铸同罢，时至七年也。一日，帝问侍臣：“希宪居家何为？”侍臣以读书对，帝曰：“读书固朕所教，然读之而不肯用，多读何为？”意责其不复求进也。阿合马因谗之曰：“希宪日与妻子宴乐尔。”帝变色曰：“希宪清贫，何从宴设？”希宪有疾，帝遣医诊视，医言须用沙糖。时沙糖最难得，家人求于外。阿合马与之二斤，且致密意。希宪却之曰：“使此物果能活人，吾终不以奸人所与服之也。”帝闻而赐之。右丞相安童奏希宪行省河西。帝曰：“河西诸王分地，希宪执法严，于朕意尚不肯曲从，岂听诸王命者。”会嗣国王头辇哥镇辽阳，言者谧其扰民不便。十一年，诏起希宪为北京行省平章政事，肩舆入辞，赐坐，帝温谕良久，且曰：“辽户不下数万诸王、附马分地所彼皆素知卿，故命卿往，体朕此意可也。”故事：亲王使者传令旨，官立听。希宪至，始革正之。