八月戊午，西中郎将、荆州刺史宜都王讳进号镇西将军。辛酉，开亡叛赦，限内首出，蠲租布二年。先有资状、黄籍犹存者，听复本注。诸旧郡县以北为名者，悉除；寓方于南者，听以南为号。又制有无故自残伤者补冶士，实由政刑烦苛，民不堪命，可除此条。罢青州并兖州。戊辰，诏曰："彭、沛、下邳三郡，首事所基，情义缱绻，事由情奖，古今所同。彭城桑梓本乡，加隆攸在，优复之制，宜同丰、沛。其沛郡、下邳可复租布三十年。"辛未，追谥妃臧氏为敬皇后。癸酉，立王太子为皇太子。乙亥，诏曰："朕承历受终，猥飨天命。荷积善之祚，藉士民之力，率由令范。先后祗严宣训，七庙肇建，情敬无违。加以储宫备礼，皇基弥固，国庆家礼，爰集旬日，岂予一人，独荷兹庆。其见刑罪无轻重，可悉原赦。限百日，以今为始。先因军事所发奴僮，各还本主；若死亡及勋劳破免，亦依限还直。"
闰月壬午朔，诏曰："晋世帝后及藩王诸陵守卫，宜便置格。其名贤先哲，见优前代，或立德著节，或宁乱庇民，坟茔未远，并宜洒扫。主者具条以闻。"丁酉，特进、左光禄大夫孔季恭加开府仪同三司。辛丑，诏曰："主者处案虽多所谘详，若众官命议，宜令明审。自顷或总称参详，于文漫略。自今有厝意者，皆当指名其人；所见不同，依旧继启。"又诏曰："诸处冬使，或遣或不，事役宜省，今可悉停。唯元正大庆，不在其例。郡县遣冬使诣州及都督府，亦停之。"九月壬子朔，置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申，置都官尚书。冬十月辛卯，改晋所用王肃祥禫二十六月仪，依郑玄二十七月而后除。十二月辛巳朔，车驾临延贤堂听讼。
二年春正月辛酉，车驾祠南郊，大赦天下。丙寅，断金银涂。以扬州刺史庐陵王义真为司徒，以尚书仆射、镇军将军徐羡之为尚书令、扬州刺史。丙子，南康揭阳蛮反，郡县讨破之。己卯，禁丧事用铜钉。罢会稽郡府。二月己丑，车驾幸延贤堂策试诸州郡秀才、孝廉。扬州秀才顾练、豫州秀才殷朗所对称旨，并以为著作佐郎。戊申，制中二千石加公田一顷。三月乙丑，初限荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限。夏四月己卯朔，诏曰："淫祠惑民费财，前典所绝，可并下在所除诸房庙。其先贤及以勋德立祠者，不在此例。"戊申，车驾于华林园听讼。己亥，以左卫将军王仲德为冀州刺史。五月己酉，置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官。甲戌，车驾又幸华林园听讼。六月壬寅，诏曰："杖罚虽有旧科，然职务殷碎，推坐相寻。若皆有其实，则体所不堪；文行而已，又非设罚之意。可筹量觕为中否之格。"车驾又于华林园听讼。甲辰，制诸署敕吏四品以下，又府署所得辄罚者，听统府寺行四十杖。秋七月己巳，地震。八月壬辰，车驾又于华林园听讼。九月己丑，零陵王薨。车驾三朝率百僚举哀于朝堂，一依魏明帝服山阳公故事。太尉持节监护，葬以晋礼。冬十月丁酉，诏曰："兵制峻重，务在得宜。役身死叛，辄考傍亲，流迁弥广，未见其极。遂令冠带之伦，沦陷非所。宜革以弘泰，去其密科。自今犯罪充兵合举户从役者，便付营押领。其有户统及谪止一身者，不得复侵滥服亲，以相连染。"己亥，以凉州胡帅大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。癸卯，车驾于延贤堂听讼。以员外散骑常侍应袭为宁州刺史。
三年春正月甲辰朔，诏刑罚无轻重，悉皆原降。壬子，以前冀州刺史王仲德为徐州刺史。癸丑，以尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，刺史如故。抚军将军、江州刺史王弘进号卫将军、开府仪同三司，太子詹事傅亮为尚书仆射，中领军谢晦为领军将军。乙卯，以辅国将军毛德祖为司州刺史。乙丑，诏曰："古之建国，教学为先，弘风训世，莫尚于此；发蒙启滞，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇学艺，修建庠序。自昔多故，戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻，军旅日陈，俎豆藏器，训诱之风，将坠于地。后生大惧于墙面，故老窃叹于子衿。此《国风》所以永思，《小雅》所以怀古。今王略远届，华域载清，仰风之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶奖童蒙，选备儒官，弘振国学。主者考详旧典，以时施行。"二月丁丑，诏曰："豫州南临江浒，北接河、洛，民荒境旷，转输艰远，抚莅之宜，各有其便。淮西诸郡，可立为豫州；自淮以东，为南豫州。"以豫州刺史彭城王义康为南豫州刺史，征虏将军刘粹为豫州刺史。又分荆州十郡还立湘州，左卫将军张纪为湘州刺史。戊寅，以徐州之梁，还属豫州。三月，上不豫。太尉长沙王道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济并入侍医药。群臣请祈祷神祇，上不许，唯使侍中谢方明以疾告庙而已。丁未，以司徒庐陵王义真为车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。上疾瘳，己未，大赦天下。时秦雍流户悉南入梁州。庚申，送纻绢万匹，荆、雍州运米，委州刺史随宜赋给。辛酉，亡命刁弥攻京城，得入，太尉留府司马陆仲元讨斩之。夏四月乙亥，封仇池公杨盛为武都王，平南将军杨抚进号安南将军。丁亥，以车骑司马徐琰为兖州刺史。庚寅，左光禄大夫、开府仪同三司孔季恭薨。五月，上疾甚，召太子诫之曰："檀道济虽有干略，而无远志，非如兄韶有难御之气也。徐羡之、傅亮当无异图。谢晦数从征伐，颇识机变，若有同异，必此人也。小却，可以会稽、江州处之。"又为手诏曰："朝廷不须复有别府，宰相带扬州，可置甲士千人。若大臣中任要，宜有爪牙以备不祥人者，可以台见队给之。有征讨悉配以台见军队，行还复旧。后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。仗既不许入台殿门，要重人可详给班剑。"癸亥，上崩于西殿，时年六十。秋七月己酉，葬丹阳建康县蒋山初宁陵。