刘毅诸军复进至夏口。毅攻鲁城，道规攻偃月垒，皆拔之。十二月，诸军进平巴陵。义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。天子反正。三月，天子至自江陵。诏曰：
古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。
皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱；倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇。
高祖固让；加录尚书事，又不受，屡请归藩。天子不许，遣百僚敦劝，又亲幸公第。高祖惶惧，诣阙陈请，天子不能夺。是月，旋镇丹徒。天子重遣大使敦劝，又不受。乃改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，本官如故。于是受命解青州，加领兖州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之。即以循为广州刺史，以其同党徐道覆为始兴相。二年三月，督交、广二州。十月，高祖上言曰："昔天祸皇室，巨狡纵篡，臣等义惟旧隶，豫蒙国恩，仰契信顺之符，俯厉人臣之愤，虽社稷之灵，抑亦事由众济。其翼奖忠勤之佐，文武毕力之士，敷执在己之谦，用亏国体之大，辄申摄众军先上，同谋起义，始平京口、广陵二城。臣及抚军将军毅等二百七十二人，并后赴义出都，缘道大战，所余一千五百六十六人。又辅国将军长民、故给事中王元德等十人，各一千八百四十八人，乞正封赏。其西征众军，须论集续上。"于是尚书奏封唱义谋主镇军将军讳豫章郡公，食邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差。镇军府佐吏，降故太傅谢安府一等。十一月，天子重申前令，加高祖侍中，进号车骑将军、开府仪同三司。固让。诏遣百僚敦劝。三年二月，高祖还京师，将诣廷尉；天子先诏狱官不得受，诣阙陈让，乃见听。旋于丹徒。
闰月，府将骆冰谋作乱，将被执，单骑走，追斩之。诛冰父永嘉太守球。球本东阳郡史，孙恩之乱，起义于长山，故见擢用。初，桓玄之败，以桓冲忠贞，署其孙胤。至是冰谋以胤为主，与东阳太守殷仲文潜相连结。乃诛仲文及仲文二弟。凡桓玄余党，至是皆诛夷。
天子遣兼太常葛籍授公策曰："有扈滔天，夷羿乘衅，乱节干纪，实挠皇极。贼臣桓玄，怙宠肆逆，乃摧倾华、霍，倒拔嵩、岱，五岳既夷，六地易所。公命世英纵，藏器待时，因心资敬，誓雪国耻。慨愤陵夷，诚发宵寐。既而岁月屡迁，神器已远，忠孝幽寄，实贯三灵。尔乃介石胜机，宣契毕举，诉苍天以为正，挥义旅而一驱；奔锋数百，势烈激电，百万不能抗限，制路日直植城。遂使冲鲸溃流，暴鳞奔汉，庙胜远加，重氛载涤，二仪廓清，三光反照，事遂永代，功高开辟，理微称谓，义感朕心。若夫道为身济，犹縻厥爵，况乃诚德俱深，勋冠天人者乎！是用建兹邦国，永祚山河，言念载怀，匪云足报。往钦哉！俾屏余一人，长弼皇晋，流风垂祚，晖烈无穷。其降承嘉策，对扬朕命。"十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征公入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书、徐兖二州刺史如故。表解兖州。先是，遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而返。九月，以敬宣挫退，逊位，不许。乃降为中军将军，开府如故。