刘仁愿至京帅，上问之曰：“卿在海东，前后奏事，皆合机宜，复有文理。卿本武人，何能如是？”仁愿曰：“此皆刘仁轨所为，非臣所及也。”上悦，加仁轨六阶，正除带方州刺史，为筑第长安，厚赐其妻子，遣使赍玺书劳勉之。上官仪曰：“仁轨遭黜削而能尽忠，仁愿秉节制而能推贤，皆可谓君子矣。”
冬，十月，辛巳朔，诏太子每五日于光顺门内视诸司奏事，其事之小者，皆委太子决之。
十二月，庚子，诏改来年元。
壬寅，以安西都护高贤为行军总管，将兵击弓月以救于阗。
是岁，大食击波斯、拂菻，破之；南侵婆罗门，吞灭诸胡，胜兵四十馀万。
◎ 麟德元年甲子，公元六六四年
春，正月，甲子，改云中都护府为单于大都护府，以殷王旭轮为单于大都护。
初，李靖破突厥，迁三百帐于云中城，阿史德氏为其长。至是，部落渐众，阿史德氏诣阙，请如胡法立亲王为可汗以统之。上召见，谓曰：“今之可汗，古之单于也。”故更为单于都护府，而使殷王遥领之。
二月，戊子，上行幸万年宫。
夏，四月，壬子，卫州刺史道孝王元庆薨。
丙午，魏州刺史郇公孝协坐赃，赐死。司宗卿陇西王傅义等奏孝协父叔良死王事，孝协无兄弟，恐绝嗣。上曰：“画一之法，不以亲疏异制，苟害百姓，虽皇太子亦所不赦。孝协有一子，何忧乏祀乎！”孝协竟自尽于第。
五月，戊申朔，遂州刺史许悼王孝薨。
乙卯，于昆明之弄栋川置姚州都督府。
秋，七月，丁未朔，诏以三年正月有事于岱宗。
八月，丙子，车驾还京师，幸旧宅，留七月；壬午，还蓬莱宫。
丁亥，以司列太常伯刘祥道兼右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬，十月，庚辰，检校熊津都督刘仁轨上言：“臣伏睹所存戍兵，疲羸者多，勇健者少，衣服贫敝，唯思西归，无心展效。臣问以‘往在海西，见百姓人人应募，争欲从军，或请自办衣粮，谓之“义征”，何为今日士卒如此？’咸言：‘今日官府与曩时不同，人心亦殊。曩时东西征役，身没王事，并蒙敕使吊祭，追赠官爵，或以死者官爵回授之弟，凡渡辽海者，皆赐勋一转。自显庆五年以来，征人屡经渡海，官不记录，其死者亦无人谁何。州县每发百姓为兵，其壮而富者，行钱参逐，皆亡匿得免；贫者身虽老弱，被发即行。顷者破百济及平壤苦战，当是时，将帅号令，许以勋赏，无所不至；及达西岸，惟闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，无以自存，公私因弊，不可悉言。以是昨发海西之日，已有逃亡自残者，非独至海外而然也。又，本因征役勋级以为荣宠；而比年出征，皆使勋官挽引，劳苦与白丁无殊，百姓不愿从军，率皆由此。’臣又问：‘曩日士卒留镇五年，尚得支济，今尔等始经一年，何为如此单露？’咸言：‘初发家日，惟令备一年资装；今已二年，未有还期。’臣检校军士所留衣，今冬仅可充事，来秋以往，全无准拟。陛下留兵海外，欲殄灭高丽。百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦共为影响，若无镇兵，还成一国。今既资戍守，又置屯田，所借士卒同心同德，而众有此议，何望成功！自非有所更张，厚加慰劳，明赏重罚以起士心，若止如今日已前处置，恐师众疲老，立效无日。逆耳之事，或无人为陛下尽言，故臣披露肝胆，昧死奏陈。”
上深纳其言，遣右威卫将军刘仁愿将兵渡海以代旧镇之兵，仍敕仁轨俱还。仁轨谓仁愿曰：“国家悬军海外，欲以经略高丽，其事非易。今收获未毕，而军吏与士卒一时代去，军将又归；夷人新服，众心未安，必将生变。不如且留旧兵，渐令收获，办具资粮，节级遣还；军将且留镇抚，未可还也。”仁愿曰：“吾前还海西，大遭谗谤，云吾多留兵众，谋据海东，几不免祸。今日唯知准敕，岂敢擅有所为！”仁轨曰：“人臣苟利于国，知无不为，岂恤其私！”乃上表陈便宜，自请留镇海东。上从之。仍以扶馀隆为熊津都尉，使招辑其馀众。
初，武后能屈身忍辱，奉顺上意，故上排群议而立之；及得志，专作威福，上欲有所为，动为后所制，上不胜其忿。有道士郭行真，出入禁中，尝为厌胜之术，宦者王伏胜发之。上大怒，密召西召侍郎、同东西台三品上官仪议之。仪因言：“皇后专恣，海内所不与，请废之。”上意亦以为然，即命仪草诏。
左右奔告于后，后遽诣上自诉。诏草犹在上所，上羞缩不忍，复待之如初；犹恐后怨怒，因绐之曰：“我初无此心，皆上官仪教我。”仪先为陈王咨议，与王伏胜俱事故太子忠，后于是使许敬宗诬奏仪、伏胜与忠谋大逆。十二月，丙戌，仪下狱，与其子庭芝、王伏胜皆死，籍没其家。戊子，赐忠死于流所。右相刘祥道坐与仪善，罢政事，为司礼太常伯，左肃机郑钦泰等朝士流贬者甚众，皆坐与仪交通故也。
自是上每视事，则后垂帘于后，政无大小皆与闻之。天下大权，悉归中宫，黜陟、生杀，决于其口，天子拱手而已，中外谓之二圣。
太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮、西台侍郎孙处约并同东西台三品。
◎ 麟德二年乙丑，公元六六五年
春，正月，丁卯，吐蕃遣使入见，请复与吐谷浑和亲，仍求赤水地畜牧，上不许。
二月，壬午，车驾发京师，丁酉，至合璧宫。
上语及隋炀帝，谓侍臣曰：“炀帝拒谏而亡，朕常以为戒，虚心求谏；而竟无谏者，何也？”李勣对曰：“陛下所为尽善，群臣无得而谏。”
三月，甲寅，以兼司戎太常伯姜恪同东西台三品。恪，宝谊之子也。
辛未，东都乾元殿成。闰月，壬申朔，车驾至东都。
疏勒弓月引吐蕃侵于阗。敕西州都督崔知辩、左武卫将军曹继叔将兵救之。
夏，四月，戊辰，左侍极陆敦信检校右相；西台侍郎孙处约、太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮并罢政事。
秘阁郎中李淳风以傅仁均《戊寅历》推步浸疏，乃增损刘焯《皇极历》，更撰《麟德历》；五月，辛卯，行之。
秋，七月，己丑，兗州都督邓康王元裕薨。
上命熊津都尉扶馀隆与新罗王法敏释去旧怨；八月，壬子，同盟于熊津城。刘仁轨以新罗、百济、耽罗、倭国使者浮海西还，会祠泰山，高丽亦遣太子福男来侍祠。
冬，十月，癸丑，皇后表称“封禅旧仪，祭皇地礻氏，太后昭配，而令公卿行事，礼有未发，至日，妾请帅内外命妇奠献。”诏：“禅社首以皇后为亚献，越国太妃燕氏为终献。”壬戌，诏：“封禅坛所设上帝、后土位，先用藁秸、陶匏等，并宜改用茵褥、罍爵，其诸郊祀亦宜准此。”又诏：“自今郊庙享宴，文舞用《功成庆善之乐》，武舞用《神功破陈之乐》。”