德宗谯王尚之兄弟复说道子，以为籓伯强盛，宰相权弱，宜密树置，以自籓卫。道子然之，分遣腹心，跨据形要，由是内外骚动。王恭深虑祸难，复密要殷仲堪、西中郎将庾楷、广州刺史桓玄同会建业。玄等响应。恭抗表传檄，以江州刺史王愉、司马尚之为事端。仲堪遣龙骧将军、南郡相杨佺期舟师五千发江陵，桓玄借兵于仲堪，亦给五千人。于是德宗戒严，加道子黄钺遣右将军谢琰拒恭等元显为征讨都督，众军继进，前军王珣领中军府众次于北郊；以尚之为豫州刺史，率弟恢之、允之西讨楷等。皆执白虎幡居前。王恭遣刘牢之为前锋，次于竹里。初，道子之谋恭也，啖牢之以重赏，牢之斩恭别帅颜延、延弟强，送二级于谢琰。琰与牢之俱进袭恭，恭奔于曲阿，为湖浦尉所执，送建业。尚之与庾楷子鸿战于牛渚，斩鸿前锋将殷万，鸿遁还历阳。尚之犹不敢济。桓玄、佺期奄至横江，尚之等退，恢之所领外军皆没。玄等径造石头，仲堪继在芜湖，建业震骇。道子杀恭于倪塘。桓玄等于是走还寻阳。
是年冬，德宗遣使朝贡，并乞师请讨姚兴。二年夏，德宗又遣使朝贡。
以元显为扬州刺史，道子有疾，元显惧已弗得袭位，故矫以自授，而道子弗知。既瘳，乃大怒，以元显已拜，故弗复改，于是内外政事一决元显。道子少而耽酒，治日甚希，至是无是，俾昼作夜，时谓道子为东录，元显为西录，西府千两辐凑，东第门设雀罗矣。元显年少，顿居权重，骄奢淫暴，于是远近讥之。
初，德宗新安太守孙泰以左道惑众被戮，其兄子恩窜于海屿，妖党从之，至是转众，攻上虞，希县令，众百许人径向山阴。会稽内史王凝之事五斗米道，恩之来也，弗先遣军，乃稽颡于道室，跪而咒说，指麾空中，若有处分者。官属劝其讨恩，凝之曰：“我已请大道出兵，凡诸津要各有数万人矣。”恩渐近，乃听遣军。比兵出，恩已至矣。战败，凝之奔走，再宿执之。旬日，恩众数万，自号平东将军，逼人士为官属。于是诸郡妖惑，并杀守令而应之，众皆云集。吴国内史桓谦出奔，吴兴太守谢邈被害。
自德宗以来，内外乖贰，石头以外，皆专之于荆、江，自江以西则受命于豫州，京口暨于江北皆兗州刺史刘牢之等所制，德宗政令所行，唯三吴而已。恩既作乱，八郡尽为贼场，及丹阳诸县处处蜂起，建业转成蹙弱。且妖惑之徒，多潜都邑，人情危惧，恆虑大兵窃发。于是众军戒严，刘牢之共卫将军谢琰讨之。贼等禁令不行，肆意杀戮，士庶死者不可胜计，或醢诸县令以食其妻子，不肯者辄支解之，其虐如此。骠骑长史王平之死未葬，恩剖棺焚尸，以其头为秽器。牢之率军讨破之。琰将至吴兴，贼徒遁走，驱逼士庶，奔于山阴。诸妖乱之家，妇女尤甚，未得去者，皆盛饰婴兒投之于水而告之曰：“贺汝先登仙堂，我寻复就汝也。”贼既走散，邑屋焚毁，郛郭之中，时见人迹，经月乃渐有归者。谢琰留屯乌程，遣其将高素助牢之。牢之率众军济江。初，孙恩闻八郡响应也，告诸官属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服而至建业。”既闻牢之临江，复曰：“我割据浙江，不失作勾践也。”寻知牢之已济，乃曰：“孤不耻走。”于是乃走。缘道多遗珍宝，牢之将士争取之，不得穷追。恩复入于海。初，三吴困于虐乱，皆企望牢之、高素等。既至，放肆抄暴，百姓咸怨毒失望焉。
孙恩在海，妖众转复从之。既破永嘉、临海，复入山阴。谢琰战殁。于是建业大震。遣冠军将军、东海太守桓不才，辅国将军孙无终，广陵相高雅之等东讨恩。吴兴太守庾恆虑妖党复发，大行诛戮，杀男女数千人。孙恩复破高雅之于余姚，雅之走还山阴。元显自为后将军、开府仪同三司、都督十六州，本官悉如故；封子彦章为东海王，食吴兴四万余户，清选文学臣僚，吏兵一同宗国。孙恩浮海奄至京口，战士十万刘牢之隔在山阴，众军惧不敢旋，恩遂径向建业。德宗惶骇，遽召豫州刺史司马尚之。于时中外惊扰，而元显置酒高会，道子唯日祈于钟山。恩来渐近，百姓忷惧。尚之率精锐驰至，径屯积弩堂。恩时沂风，不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备，知尚之尚在建业，复闻牢之不还，不敢上，乃走向郁洲。恩别帅卢循攻没广陵，虏掠而去。
桓玄闻孙恩之逼也，乃建牙戒严，表求征讨。时恩去未还，玄表复至，元显等大惧，急遣止玄。庾楷密使自结于元显，说玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军。已当内应。元显得书大喜，遣张法顺谋于刘牢之，牢之同许焉。于是征兵装舰，将谋西讨。德宗改年曰地兴，以元显为大都督讨玄。玄军至，元显不战而败，父子并为玄所杀。后改年为大亨。
天兴六年十月，德宗遣使朝京师。德宗封桓玄为楚王，玄寻逼德宗手诏禅位。德宗出居永安宫。既受禅，封德宗为南康平固县王，居之寻阳。天赐元年，德宗在姑熟，二月，至寻阳。其彭城内史刘裕杀玄除州刺史桓脩，与刘毅等举兵讨玄。玄败走寻阳，携德宗兄弟至于江陵，又走荆州。荆州别驾王康产、南郡相王腾之迎德宗入南郡府。桓玄死。玄将桓振复袭江陵，斩王康产及腾之。将杀德宗，玄扬州刺史、新安王桓谦苦禁之，乃止。
时卢循执德宗广州刺史吴隐之，自号平南将军、广州刺史，令其党徐道覆据始兴，余郡皆以亲党居之。德宗复僭立于江陵，改章义熙。尚书陶夔迎德宗达于板桥，大风暴起，龙舟沉浚，死者十余人。德宗发江陵至寻阳，其益州刺史毛璩、参军谯纵反，攻涪城，克之，遂以益州叛德宗。德宗发姑孰，还建业。六月，太祖遣军攻德宗钜鹿太守贺申，申举城降。
永兴二年，卢循复起于岭南，杀德宗江州刺史何无忌于石城。咸欲以德宗北走，知循未下乃止。裕令抚军刘毅讨循，败于桑落洲，步走而还。裕党孟昶、诸葛长民等劝裕拥德宗过江，裕不从。
神瑞二年，德宗遣广武将军玄文、石齐朝贡。太宗初，刘裕征姚泓。二年，太宗遣长孙道生、娥清破其将朱超石于石河，擒骑将杨丰，斩首千七百余级。
三年，德宗死，弟德文僭立。四年，改年曰元熙五年，德文禅位于裕，裕封德文为零陵王。德文后河南褚氏，兄季之、弟淡之虽德文姻戚，而尽心于裕。德文每生男，辄令方便杀焉。惑诱内人，密加毒害，前后非一。及德文被废，囚于秣陵宫，常惧见祸，与褚氏共止一室，虑有鸩毒，自煮食于前。六年，刘裕将杀之，不欲遣人入内，令淡之兄弟视褚氏，褚氏出别宫，于是兵乃逾垣而入，进药于德文。德文不肯饮，曰：“佛教，自杀者不复人身。”乃以被掩杀之。
自叡之僭江南，至于德文之死，君弱臣强，不相羁制，赏罚号令，皆出权宠，危亡废夺，衅故相寻，所谓夷狄之有君，不若诸夏之亡也。