先前，陈咸最早做官，从元帝初年任御史大夫时已经名显朝廷了。成帝刚即位，他被提拔为部刺史，又历任楚国、北海、束郡太守。阳朔年间，京兆尹王章深责大臣，而举荐琅邪太守冯野王适合代替大将军王凤辅政，束郡太守陈咸适合任御史大夫。这时候方进才从博士任刺史。后来方进任京兆尹，陈咸从南阳太守进入朝廷任少府，和方进非常亲密。此前逢信已从高第郡守历任京兆尹、太仆为卫尉了，做官的功绩和资历都在方进之上。等到御史大夫的官职空缺，陈咸、方进、逢信三人都是名卿，全在被选之列，而方进得到了这个官职。适逢丞相薛宣有事与方进相关联，皇上派了二千石五人共同审问丞相、御史，陈咸责问方进，想因此得到他御史大夫的职位，方进于是怀恨在心。先前大将军王凤上奏请求任命陈汤为中郎，政事都要与陈汤商量后才去做。王凤去世后，他的堂弟车骑将军王音代替王凤辅政，也很看重陈汤。逢信、陈咸都和陈汤相友善，陈汤也屡次在王凤、王音那裹称赞逢信和陈咸。很久以后，王音去世，王凤的弟弟成都侯商又任大司马卫将军辅政。王商向来憎恨陈汤，便禀报他的罪过，皇上让有司查询证实，便罢免了陈汤，流放敦煌。当时方进新任丞相，陈咸内心恐惧不安，于是命令小冠杜子夏去探测一下方进的意图，暗暗替自己辩解。子夏拜访了方进后，探明了方进的意图，不敢替陈咸说话。没过多久，方进上奏陈咸与逢信“邪僻贪污，营私多欲。他们都知道陈汤奸邪谄媚反覆无常，巧言善辩不合法度，却还和他亲密交往赠送财物，来求得举荐。他们后来做了少府，屡次赠送财物给陈汤。逢信、陈咸有幸能够身列九卿，不想着尽忠正身，自己内心也知道行为不正没有功效，却谄媚邪臣，想以此获得亲幸，苛且求得丧失廉耻。孔子说：‘这种人可以和他一起侍奉君王吗！’说的就是陈咸、逢信啊。错误邪恶显露无遣，不适合再担任官职，臣请求罢免他们来昭示天下。”皇上同意。
两年多后，皇上下诏举荐方正直言的人才，红阳侯立举荐陈咸应对策问，皇上授职陈咸为光禄大夫给事中。方进再次上奏： “陈咸以前身为九卿，因为行为贪邪不正被免。他自己知道罪恶显露明白，依托红阳侯立侥幸获职，有司没有敢上奏举报的。陈咸贪蔽污浊苛且容生于世，不顾耻辱，不应当承受方正的举荐，徒占内朝的臣位。”并且劾奏红阳侯立选拔举荐人才故意不依照实情。皇上下诏罢免了陈咸，但下令不要弹劾立。
几年后，皇太后姐姐的儿子侍中卫尉定陵侯淳于长有罪，皇上因为皇太后的缘故，免去了淳于长的官位但没有治罪。有司上奏请求遣送淳于长去他的郡国，淳于长用金钱赂贿立，立呈上密封奏章替淳于长请求留下说： “陛下已经因为皇太后的原因下达了韶书，实在不能另有其他的计策呀。”后来淳于长因秘事被揭发，于是被捕入狱。方进劾奏立“内怀奸邪，扰乱朝政，想要颠覆妨害要挟皇上，狡猾不讲道义，请求皇上判他下狱。”皇上说：“红阳侯是我的舅舅，我不忍心运用法律制裁，就遣送他去郡国。”于是方进又上奏立的朋党说：“立向来行为多有不善，众人所共知。邪臣自行去勾结他，攀附依托成为死党，他们希望立能参与政事，想要以此获得私利。现在立被斥逐去郡国，他所结交中那些关系特别密切的人，不适合身任大臣，郡守。考察后将军朱博、钜鹿太守孙闺、以前的光禄大夫陈咸和立交往亲密，相互成为心腹，有违背公义结成死党的信约，想要相互攀援，死而后已；他们都内怀不仁的品性，而外有卓越的才智，超越了众人，勇猛果敢，处事不犹豫，平曰都崇尚残忍狠毒严酷暴虐，凭残忍狠毒来树立威风，而没有一点仁爱利入之心。天下都知道，愚人都尚感疑惑。孔子说：‘用人不仁礼怎么办啊！用人不仁乐怎么办啊！，这是说没有仁义的人，国家没有用得着的地方，没有仁义却很有才能，是国家的祸患啊。这三人都内怀奸邪狡猾，是国家所担忧的，却彼此深深勾结，取信于贵戚奸臣，这是国家的大忧，是大臣们所应该舍身而谏静的，从前季孙行父曾说遇：‘看见对君有好处的人便热爱他，就好像孝子奉养父母，看见有不利的人便讨伐他，就好像鹰?驱逐鸟雀。’鹰鸥的翅膀即使受伤了，也不逃避。贵戚的死党众人诚然难以冲犯，如果冲犯了他们，众敌都会怨恨，善恶就相互覆蔽。我有幸能够身任宰相，不敢不尽我死力。请求皇上罢免朱博、孙闳、陈咸回到他们以前的郡国，来消灭奸恶的群党，断绝群邪的希望。”皇上准奏。陈咸已被罢官禁止再任职，又被遣回故郡，因为忧愤生病而死。
方进富于知识才能，兼通法令吏事，以儒雅文饰法律，称为通明相，皇上非常器重他，方进上奏事情皇上没有不适合他心意下令的，在内又探求皇上的隐微的旨意来巩固他的职位。先前，定陵侯淳于长虽然是外戚，然而因擅长谋略列为九卿，刚任职时，方进独独与淳于长交往，称赞举荐他。等到淳于长因为大逆罪被诛，所有和淳于长亲善的人都因他被免职，皇上因为方进是大臣，又向来看重他，替他隐瞒避讳。方进内心惭愧，上奏请罪要求退职归家。皇上答覆说：“定陵侯淳于长已伏罪，你虽然和他相交往，经传上不是这样说吗，早晨知道错误晚上就改正，君子赞许他，你还有什么疑虑呢？请你专心一意不要懈怠，看医用药来保重身体。”方进才起来办事，逐条陈奏淳于长所亲善的京兆尹孙宝、右扶风萧育，刺史二千石以上被免职的有二十余人，方进被皇上信任如此。
方进虽然学习遇《谷梁传》，然而爱好《左氏传》，天文星历，他的《左氏传》则传授给国师刘歆，星历则传授给长安令田终术。方进看重李寻，任命他任议曹。方进做宰相有九年，绥和二年春火星进入心宿天区，李寻上奏记说： “对付变化的权术，您都自己清楚。过去多次禀告，营室宿、东井宿、火星显示征兆，变化动静露出端倪，山川水泉，违反常理显示灾患，人民流传谣言却有了应验。这三件事已得应验，可说让人寒心。今摄提星扬起芒角，枉矢星正中弧心，天狼星张起芒角，天弓星发出光芒，金星越过库，土星逆行，辅星沉没不见，火星守舍三十Et，死亡的日子，近在朝夕。您上无怀忧救助天下的功德，下无推辞谦让避让贤人的实效，想要身处高位，做无功德的臣子来保全自身，难啊！大责罚一天天加深，怎么能衹保证仅有被斥逐的结果？你全府有三百余人，希望您选择那些合适的人，共同尽心竭力保全节操转凶为吉。”
方进很担忧这件事，不知该怎么办。适逢郎贲丽擅长观测星相，说大臣应该承担此责任。皇上于是召见方进。方进回来后，没来得及自杀，皇上便赐文书说：“皇帝问丞相：您有孔子的心志，孟贲的勇力，我好心和您同心一意，希望有所成就。衹是你登位十年，灾害一起降临，人民遭受饥饿，加上疾病瘟疫淹死，关门的锁闩自行丢失，失去了国家的守卫，盗贼众多。官吏民众残忍凶暴，殴打杀害良民，审理和判决案件一年年比以前多。上书言事，在道路上就互相交谈，内怀奸恶结为朋党，相互隐瞒藏匿，都丧失了忠诚的心志，众下臣骚动不安，互相嫉妒，这些过错的责任在哪裹？观察你的治国，没有想要帮助我使人民富裕安定的善念。最近郡国的粮食虽然大多丰收，百姓不够吃的还有许多，去城郭守卫的人，没有能够全部返回，我早晚未曾忘记此事。我希望以前的财用，能和现在一样，百姓的用度各有定数。你不均衡多少，都听从下属的进言，用度不够，便上奏请求权宜增加赋税，征收城邑及旁地园田的税，以钱代役，按马牛羊的头数征税，增加盐铁的赋税，变化更改没有常理。我既然不清楚，根据上奏同意实行。后来评议的人认为不方便，诏令传达给你，你说卖酒糟，后来请求停止。没到一个月，你又上奏书要卖酒糟。我实在奇怪你，为什么总抱着随俗的计策，而没有忠诚坚固的心意，将要凭什么来辅佐我指挥众下臣呢？而你想要久占显赫尊贵的地位，难道不困难吗！经传上说： ‘居高而没有凶险，是能长久保有尊贵的途径啊。’我想要撤去你的官职，还不忍心。你要仔细考虑周密的计策，杜绝奸恶的本源，忧国如忧家，致力于安定百姓来辅佐我。我既然已经悔改，你也要自己反思，努力进食尽心尽职。我派尚书令赏赐你十石好酒，一只牛，你仔细考虑吧。”