历史证明，这些人全部是清白无辜的。
到1692年的秋后，审巫风潮像它突然兴起时一样，突然消退了。人们好像不约而同地从梦魇中醒来。塞勒姆镇受过教育的精英首先起来质疑审巫案。波士顿着名的牧师，曾经当过哈佛学院第一任校长的英克里斯·玛泰原来也赞成审巫，后来发现审巫案的株连越演越烈，连他的妻子也可能被别人揭发为巫婆了，终于大彻大悟。他发表了《良心案》，被后世称为“北美的第一部证据系统”。他指出，“错放过十个巫婆也比冤枉一个无辜的人要好”。
这些质疑促使总督费普斯下令，审判法庭不能接受所谓看到巫婆光圈的证词，不能采用当场触摸来检验巫婆的做法，定罪必须要有清楚的令人信服的证据。在排斥了“坦白揭发”的证据以后，最后一批33个被告，有28个被法庭认定无罪，其他的人后来也得到了赦免。1693年5月，总督费普斯下令释放所有被指控的人。塞勒姆审巫案结束了。
对于塞勒姆少女的奇怪症状，长期以来比较一致的认识是，这是一种集体歇斯底里，多发于比较紧密而孤僻的少女群体，和环境的压抑也有一定的关系。这种歇斯底里症状通常会在一段时间以后消失。一直到20世纪70年代，人们才发现，真正的祸首很可能是一种寄生于黑麦的真菌——麦角菌。这种麦角菌会产生一种类似于现在的毒品LSD的毒素。吃了这种受麦角菌感染的麦子以后，抵抗力较弱的人会产生幻觉。塞勒姆少女的奇怪症状，其实是一种麦角菌中毒。但是塞勒姆审巫案后来演变成一场大规模的迫害，其根源却在于当时司法体制和程序的缺陷，在于新英格兰的社会状态和当时人们的不安全感。
300多年过去了，那条从审判法庭通往绞架山的路，还在马萨诸塞州塞勒姆镇的地图上清清楚楚地标着。当年牺牲在绞架山上的几十个无辜者，用他们的生命奠定了后世美国司法的一个重要原则：宁可放过十个，不可错杀一人。