十五年，珠尔默特纳木紥勒以兵戕其兄珠尔默特策布登于阿里，诡以兄暴疾闻，请收葬，并育兄子。时其兄子朋素克旺布及珠尔默特旺紥勒皆居后藏。珠尔默特纳木紥勒以兵往戕朋素克旺布，阳称逃亡。珠尔默特旺紥勒依班禅为喇嘛，乃免。傅清、拉布敦以珠尔默特纳木紥勒携兵离藏告。盖是时珠尔默特纳木紥勒既袭杀其兄，复通书餽物准噶尔，请兵为外应，私携炮至后藏，诬籍噶卜伦班第达及第巴布隆赞等旋达木，距前藏三百馀里，拥众二千馀不归。奏至，诏俟副都统班第自青海赴藏讨罪，复谕四川总督策楞、提督岳锺琪驰兵往会。而贼势猖獗，驿道梗塞，军书不通者旬日。傅清偕拉布敦计，不急诛，必据唐古特为变，召珠尔默特纳木紥勒至，待诸楼。甫登，起责其罪曰：“尔违天子令，且忘尔父！无君无父，罪不可赦！”傅清趋前扼其臂，拉布敦拔佩刀剚之，谕胁从罔治。有罗卜藏紥什者，趋下呼贼，千馀突至，聚围楼，集藁焚。达赖遣番僧往护，不得入，傅清、拉布敦死之。上嘉悯傅清等靖逆遇害，均追赠一等伯，特建双忠祠以祀。班第达奔守达赖，集兵拒逆。即命班第达以辅国公摄噶卜伦，分其权，而总其成於达赖。设噶卜伦四、戴琫五、第巴三、堪布三，分理藏务，隶驻藏大臣及达赖辖。增驻防兵千有五百戍藏。以达木番归驻藏大臣辖，视内地例，设佐领、骁骑校各职。并於准噶尔通藏隘设汛严防。二十二年，荡平伊犁，始永无准夷患。是年，达赖在布达拉圆寂，时年五十。
八辈罗布藏降白嘉穆错摆桑布，於乾隆二十三年在后藏拖结热拉冈出世。二十七年，迎至布达拉坐床。三十年，由班禅班垫伊喜传授小戒。三十三年，亲至前藏攒招，随登色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺讲经之座。四十二年，由班禅传授格隆大戒。四十六年，颁给敕书、金册、金印，赏达赖之兄索诺木达什辅国公。四十八年，颁玉册、玉印，凡遇国家庆典准其钤用，其寻常奏书文移仍用原印。
五十三年，廓尔喀侵犯藏境。初，第六辈班禅之殁，及京归舍利於藏也，凡朝廷所赐赉，在京各王公及内外各蒙边地诸番所供养，无虑数十万金，而宝冠、璎珞、念珠、晶玉之钵、镂金之架裟，珍宝不可胜计。其兄仲巴呼图克图悉踞为己有，既不布施各寺，番兵、喇嘛等亦一无所与。其弟沙玛尔巴垂涎不遂，愤唆廓尔喀籍商税增额、食盐糅土为词，兴兵扰边。唐古特私和廓尔喀，朝廷所遣之侍卫巴忠、成都将军鄂辉、总兵成德等实阴主其议，令堪布等许岁币万五千金，於是廓尔喀饱飏而去。巴忠等以贼降饰奏，讽廓尔喀噶箕入贡，受封国王。五十四年七月，廓尔喀遣人至藏表贡，并致驻藏大臣书，请如前约。鄂辉恐发觉私许之款，屏不奏。次年，藏中币复爽约。
五十六年七月，廓尔喀复大入寇，占据聂拉木，诱执噶卜伦丹津班珠尔以归。八月，复占据济咙。保泰等迁班禅于前藏。廓匪进扰萨加沟，遂至紥什伦布，仲巴呼图克图遁。九月，都司徐南腾坚守官寨，廓匪大掠紥什伦布财物以归。巴忠扈从热河，闻变，沉水死。鄂辉、成德奉命赴藏剿御，皆逗留不进。
十月，保泰等请移达赖、班禅於泰宁，上严斥之，而嘉达赖之拒其议。命嘉勇公福康安为将军、超勇公海兰察为参赞大臣，率索伦、达呼尔兵及屯练土兵进讨。其军饷则藏以东，四川总督孙士毅主之；藏以西，驻藏大臣和琳主之；济咙边外，则前督惠龄主之。五十七年正月，鄂辉等始复聂拉木。二月，帕克哩营官率番兵收复哲孟雄、宗木地方。是月，陷寇之第巴博尔东自阳布回藏。唐古特私许岁币事觉，诏以保泰、雅满泰隐匿不奏，革责枷号。三月，授福康安为大将军，逮仲巴呼图克图于京。四月，添调川兵三千赴藏。闰四月，福康安自定日进兵趋宗喀。五月，克擦木，复济咙。是月十五日，克热索桥，遂入廓境。二十四日，克胁布鲁碉卡。六月，福康安、海兰察等进攻东觉，并雅尔赛拉、博尔东拉诸处，皆克之，成德等亦攻克紥木铁索桥。六月，廓酋拉特纳巴都尔迭遣大头人乞降，送出丹津班珠尔及前俘之兵。七月，福康安攻克噶勒拉、堆补木，夺桥渡河，深入廓境七百馀里，将迫其都阳布。都统衔斐英阿等阵亡。成德亦进克利底大山贼卡。廓酋复呈缴唐、廓前立合同，献所掠紥什伦布财物及沙玛尔巴之尸。八月，廓尔喀遣使进贡。福康安以廓尔喀屡请投诚奏入，奉旨受降。时以廓境益险，八月后即雪大封山，因允所请。於是福康安率大兵凯旋，撤回藏。议定善后章程：驻藏大臣与达赖、班禅平等；噶卜伦以下由驻藏大臣选授；前后藏番归我设之游击、都司节制训谏；自行设炉鼓铸银币；设粮务一员监督之。至是，我国在藏始具完全之主权。