五十四年，策妄阿喇布坦遣兵掠哈密。上以邻青海左翼牧，诏兵备之，准噶尔败遁。初，达赖汗子拉藏偕青海诸台吉定议内附，寻袭唐古特汗，以第巴私立伪达赖喇嘛，袭杀之，而自立博克达之伊什紥穆苏为达赖喇嘛瑚毕勒罕。青海贝勒察罕丹津等讦其伪，奏里塘之罗卜藏噶勒藏嘉穆错为真达赖喇嘛瑚毕勒罕，诏内阁学士拉都琥往验。寻遣侍卫阿齐图召青海两翼议徙里塘达赖喇嘛瑚毕勒罕以弭争端。贝勒色布腾紥勒、阿喇布坦鄂木布、朋素克旺紥勒，台吉达颜、苏尔紥等佥请徙。察罕丹津不从，将偕达什巴图尔子罗卜藏丹津盟，率兵攻异己者。阿齐图疏至，王大臣等奏察罕丹津若先攻诸部，色布腾紥勒等来奔，应置边内。察罕丹津牧距松潘仅四五日程，请备兵待。诏西宁、四川松潘诸路设兵备之。
五十五年，察罕丹津畏罪，徙里塘达赖喇嘛瑚毕勒罕至西宁宗喀巴寺。阿齐图奏请集诸台吉定盟，以罗卜藏丹津、察罕丹津、达颜等领右翼，额尔德尼额尔克托克托鼐、阿喇布坦鄂木布等领左翼，令永睦，允之。会噶尔丹由沙拉袭青海，掠台吉罗布藏丹济卜等牧畜，复谋盗噶斯口官军驼马。谕曰：“准噶尔侦噶斯口兵势稍弱，潜来侵扰青海，不可不严筹之。著西安兵会青海左翼，四川督标兵会青海右翼，协力防御。”
五十六年，遣使赴青海测分野。未几，靖逆将军富宁安谍策妄阿喇布坦遣兵赴唐古特，驰疏闻。上以里塘达赖喇嘛瑚毕勒罕事初定，拉藏汗或阴导准噶尔侵青海，诏理藩院尚书赫寿谕拉藏汗勿得与察罕丹津、罗卜藏丹津等构兵。复谕遣侍卫色楞等赴青海，曰：“准噶尔若侵拉藏汗，尔即与青海诸台吉等定议协剿，务令绝无猜忌，不至滋变方善。或拉藏汗导准噶尔侵青海，尔即谕察罕丹津等曰：‘策妄阿喇布坦屡抗大军，今拉藏汗与同谋，是显为仇敌也。国家始终仁爱，保护顾实汗子孙，尔等正当奋志报效而行。’”寻察罕丹津等以准噶尔侵拉藏汗告，谕内大臣策旺诺尔布、西安将军额伦特等分屯青海要地。
五十七年，拉藏汗乞援疏至，诏色楞等会青海王、台吉议进兵。察罕丹津谍拉藏汗被戕，谋诱准噶尔至青海迎击之。准噶尔惧，不至。先是哈密伯克额贝都拉献西吉木、达里图、西喇郭勒地，诏设赤金、靖逆二卫及柳沟所，听兵民耕牧。五十八年，以其地错青海左翼牧，遣官偕贝子阿喇布坦、台吉阿尔萨兰等勘定界。阿喇布坦等曰：“青海众荷厚恩，何惜隙地？可耕者听给兵民，留我等牧地足矣！”因集所属宰桑等画地标识，议勿私越。时抚远大将军固山贝子允昷统兵驻西宁，请自索诺木至柴达木路设站五，站置青海兵十，别令左、右翼兵各三百屯近军地，防准噶尔贼，从之。允昷复遵旨集两翼王、台吉，以上意宣谕曰：“唐古特部达赖喇嘛、班禅喇嘛法教，原系尔祖顾实汗所设。今准噶尔戕拉藏汗，离散番众。尔等前称里塘罗卜藏噶勒藏嘉穆错为真达赖喇嘛瑚毕勒罕，原置禅榻，广施法教，今唐古特民人及阿木岛喇嘛如尔言。皇上为安藏计，遣大兵送往唐古特，尔等宜率所属兵或万或五六千从往，其定议具奏。”两翼王、台吉等佥称原听命。五十九年，所部兵从大军败准噶尔於札卜克河、齐诺郭勒、绰玛喇等处，因护达赖喇嘛入藏。捷闻，诏留兵二千屯青海侦防准噶尔。
雍正元年，谕曰：“自西陲用兵，青海王以下、台吉以上各著劳绩。皇考曾降旨俟凯旋日计功，今青海王、台吉等历年效绩，应各酌加封赏。其率兵进藏，至驻防噶斯、柴达木等众，应令各处将军分别加赏。”是年罗卜藏丹津叛，命大军往讨，越岁而定。罗卜藏丹津初袭其父达什巴图尔亲王爵，从大军入藏，归，觊为唐古特长，阴约策妄阿喇布坦援己，复诱青海台吉等盟察罕托罗海，令如所部故号，不得复称王、贝勒、贝子、公等爵，而自号达赖珲台吉以统之。郡王额尔德尼额尔克托克托鼐不从，偕镇国公噶尔丹达什来奔。上以和硕特族自相残，不忍遽加兵，诏抚远大将军贝子延信善慰额尔德尼额尔克托克托鼐。时兵部左侍郎常寿驻西宁理青海务，命传谕罗卜藏丹津罢兵，不从则惩治之。罗卜藏丹津诡言亲王察罕丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐谋据唐古特，诸台吉不服，将率兵与决胜负。盖以察罕丹津、额尔德尼额尔克托克托鼐首不附己，欲诬以罪，因胁诸台吉奉己，如鄂齐尔汗驻唐古特以遥制青海也。
察罕丹津为罗卜藏丹津所偪，继额尔德尼额尔克托克托鼐挈众至。敕川陕总督年羹尧曰：“罗卜藏丹津自其祖顾实汗敬谨恭顺，达什巴图尔慕化来归，晋封亲王，复令其子罗卜藏丹津袭封，自宜仰体宠眷，敬奉法纪。乃妄逞强梁，骨肉相仇，欺凌亲王察汗丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐等，恣行倡乱。朕甫闻其事，遣使往谕，令伊讲和修睦，式好无尤。乃肆意称兵，侵袭察罕丹津、额尔德尼额尔克托克托鼐，以致投入内境。是其深负朕恩，悖逆天常，扰害生灵，诛戮不可少缓。朕欲大张天威，特命尔为抚远大将军，统领大兵，往声罗卜藏丹津罪。如敢抗拒，即行剿灭。其党有惧罗卜藏丹津势，暂为胁从者，果悔罪来归，即行宽宥。有能擒斩罗卜藏丹津者，分别具奏。有情急来归者，加意抚恤。其不抗拒者，毋加杀戮。”罗卜藏丹津诡罢兵，诱常寿至察罕托罗海，留之，遣叛党分掠西宁诸路，煽贼番等为应。副将军阿喇纳自吐鲁番驰赴噶斯，断由穆鲁乌苏往藏路；副将王嵩、参将孙继宗等击贼党於布隆吉尔及镇海堡、申中堡、北川、新城等处。四川提督岳锺琪以杂谷土司等兵剿归德堡外上寺东策卜、下寺东策卜及南川口外郭密诸番，复檄前锋统领苏丹等协剿，所至告捷。罗卜藏丹津惧，送常寿归，请罪。谕年羹尧曰：“伊乃深负国恩、与大军对敌之叛贼，国法断不可宥。不得因伊曾封王爵，稍存疑虑。其与罗卜藏丹津同谋之王、贝勒、贝子、公等，既经背叛，即宜削爵。伊等或来归顺，或被擒获，不必更论封爵，但视行事轻重，可宽宥者从宽，应治罪者治罪。”