十七年，出为江苏镇江知府。甫下车，丹阳教案起，由於教堂发见孩尸。仁堪亲验孩尸七十馀具，陈於总督刘坤一曰：“名为天主教堂，不应有死孩骨。即兼育婴局，不应无活婴儿。传教约本无准外国人育婴之条，教士於约外兼办育婴，不遵奏行章程，使地方官得司稽察，祸由自召。请曲贷愚民之罪，以安众心；别给抚恤之费，以赡彼族。”坤一迂之，卒定犯罪军流有差。时外使屡责保护教堂，仁堪请奏定专律，谓：“条约无若何惩办明文，每出一事，任意要挟。宜明定焚毁教堂，作何赔偿；杀伤教士，作何论抵；以及口角斗殴等事，有定律可遵。人心既平，讹言自息。”英人梅生为匪首李鸿购军火，事觉，领事坐梅生罪仅监禁，仁堪上书总理各国事务衙门论之。又洋人忻爱珩遍谒守令，募捐义学，无游历护照。仁堪请关道送领事查办，复议无照私入内地，应按中国律法科罪。虽皆未果行，时论韪之。
郡地多冈垅，旱易成灾，仁堪以设渠塘为急务，不欲扰民，捐廉为倡。驰书乞诸亲旧，商富感而输助，得钱三万缗，开塘二千三百有奇，沟渠闸坝以百计。
十八年秋，丹阳大祲，恩赈之外，劝绅商捐赀，全活甚众。又假官钱於民，使勿卖牛，名曰牛赈。濬太平港、沙腰河、练湖、越渎、萧河、香草、简渎之属，凡二十馀所，支沟别渠二百三十有奇。又凿塘四千六百，以蓄高原之水。皆以工代赈，东西百馀里间，水利毕举。次年春，赈毕，馀四万金，生息备积穀。牛赈馀钱，仿社仓法创社钱，按区分储，为修沟洫、广义塾之用。郡西乡僻陋不知学，立榛思文社以教之。出私钱於府治前建南畾学舍。在任两年，於教养诸端，尽力为之。
调苏州，已积劳致疾，日坐谳局清积案，风采动一时。甫三阅月，猝病卒，时论惜之。镇江士民列政绩，籥请大吏上闻，谓其“视民事如家事，一以扶植善类、培养元气为任，卓然有古循吏风”。诏允宣付史馆立传，以表循良。自光绪初定制，官吏殁后三十年，始得请祀名宦。於是疆臣率徇众意，辄请宣付立传表章，旷典日致猥滥，仁堪为不愧云。