都水王孝先议回河故道，大防意向之，命百禄行视。百禄以东流高仰，而河势顺下，不可回，即驰奏所以然之状，且取神宗诏令勿塞故道者并上之。大防犹谓："大河东流，中国之险限。今塘泺既坏，界河淤浅，河且北注矣。"百禄言："塘泺有限寇之名，无御寇之实。借使河徙而北，敌始有下流之忧，乃吾之利也。先帝明诏具在，奈何妄动摇之。"乃止。
俄兼侍读，进翰林学士。为帝言分别邪正之目，凡导人主以某事者为公正，某事者为奸邪，以类相反，凡二十余条。愿概斯事以观其情，则邪正分矣。
以龙图阁学士知开封府。勤于民事，狱无系囚。僚吏欲以圄空闻，百禄曰："千里之畿，无一人之狱，此至尊之仁，非尹功也。"不许。经数月，复为翰林学士，拜中书侍郎。是岁郊祀，议合祭天地，礼官以"昊天有成命"为言。百禄曰："此三代之礼，奈何复欲合祭乎？'成命'之颂，祀天祭地，均歌此诗，亦如春夏祈谷而歌《噫嘻》，亦岂为一祭哉？"争久不决，质于帝前。宰相曰："百禄之言，礼经也；今日之用，权制也。陛下始郊见，宜以并事天地为恭。"于是合祭。
熙河范育言："阿里骨酷暴且病，温溪心八族皆思内附，可以计纳。"百禄曰："中国以信抚四夷，阿里骨未有过，溪心虚实未可知，无衅而动，非策也。"又请进筑纳迷等三城，百禄曰："是皆良田，为必争之地，我既城之，若贼骑时出，我何以耕？后虽欲弃之，为费已甚，亦不能矣。"帝皆从之。右仆射苏颂坐稽留除书免，百禄以同省罢为资政殿学士、知河中，徙河阳、河南。薨，年六十五，赠银青光禄大夫。
子祖述，监颍州酒税，摄狱掾，阅具狱，活两死囚，州人以为神。知巩县，凿南山导水入洛，县无水患，文彦博称其能。以父堕党籍，监中岳庙。久之，通判泾州。知台州，奏罢黄甘、葛蕈之贡。主管西京御史台。靖康多难，避地至汝州。汝守赵子栎邀与共守，于是旁郡尽陷，汝独全。累官朝议大夫，卒。从弟祖禹。
祖禹字淳甫，一字梦得。其生也，母梦一伟丈夫被金甲入寝室，曰："吾汉将军邓禹。"既寤，犹见之，遂以为名。幼孤，叔祖镇抚育如己子。祖禹自以既孤，每岁时亲宾庆集，惨怛若无所容，闭门读书，未尝预人事。既至京师，所与交游，皆一时闻人。镇器之曰："此儿，天下士也。"
进士甲科。从司马光编修《资治通鉴》，在洛十五年，不事进取。书成，光荐为秘书省正字。时王安石当国，尤爱重之。王安国与祖禹友善，尝谕安石意，竟不往谒。富弼致仕居洛，素严毅，杜门罕与人接，待祖禹独厚；疾笃，召授以密疏，大抵论安石误国及新法之害，言极愤切。弼薨，人皆以为不可奏，祖禹卒上之。
神宗崩，祖禹上疏论丧服之制曰："先王制礼，君服同于父，皆斩衰三年，盖恐为人臣者不以父事其君。自汉以来，不惟人臣无服，人君遂不为三年之丧。国朝自祖宗以来，外廷虽用易月之制，宫中实行三年服。君服如古典，而臣下犹依汉制，故十二日而小祥，期而又小祥，二十四日而大祥，再期而又大祥。既以日为之，又以月为之，此礼之无据者也。古者再期而大祥，中月而禫。禫，祭之名，非服之色。今乃为之惨服三日然后禫，此礼之不经者也。服既除，至葬又服之，祔庙后即吉，才八月而遽纯吉，无所不佩，此又礼之无渐者也。朔望，群臣朝服以造殡宫，是以吉服临丧；人主衰服在上，是以先帝之服为人主之私丧，此二者皆礼之所不安也。"
哲宗立，擢右正言。吕公著执政，祖禹以婿嫌辞，改祠部员外郎，又辞。除著作佐郎、修《神宗实录》检讨，迁著作郎兼侍讲。
神宗既祥，祖禹上疏宣仁后曰："今即吉方始，服御一新，奢俭之端，皆由此起。凡可以荡心悦目者，不宜有加于旧。皇帝圣性未定，睹俭则俭，睹奢则奢，所以训导成德者，动宜有法。今闻奉宸库取珠，户部用金，其数至多，恐增加无已，愿止于未然。崇俭敦朴，辅养圣性，使目不视靡曼之色，耳不听淫哇之声，非礼勿言，非礼勿动，则学问日益，圣德日隆，此宗社无疆之福。"故事，服除当开乐置宴，祖禹以为因除服而开乐设宴，则似除服而庆贺，非君子不得已而除之之意，不可。
夏暑权罢讲，祖禹言："陛下今日之学与不学，系他日治乱。如好学，则天下君子欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅佐德业，而致太平；不学，则小人皆动其心，务为邪谄，以窃富贵。且凡人之进学，莫不于少时，今圣质日长，数年之后，恐不得如今日之专，窃为陛下惜也。"迁起居郎，又召试中书舍人，皆不拜。吕公著薨，召拜右谏议大夫。首上疏论人主正心修身之要，乞太皇太后日以天下之勤劳、万民之疾苦、群臣之邪正、政事之得失，开导上心，晓然存之于中，使异日众说不能惑，小人不能进。