六年，为江南西路转运副使，冬，改右补阙，加正使。齐贤至官，询知饶、信、虔州土产铜、铁、铅、锡之所，推求前代铸法，取饶州永平监所铸以为定式，岁铸五十万贯，凡用铜八十五万斤，铅三十六万斤，锡十六万斤，诣阙面陈其事，敷奏详确，议者不能夺。
先是，诸州罪人多锢送阙下，路死者十常五六。齐贤道逢南剑、建昌、虔州所送，索牒视之，率非首犯，悉伸其冤抑。因力言于朝，后凡送囚至京，请委强明吏虑问，不实，则罪及原问官属。自是江南送罪人者为减太半。
先是，江南诸州小民，居官地者有地房钱，吉州缘江地虽沦没，犹纳勾栏地钱，编木而浮居者名水场钱，皆前代弊政，齐贤悉论免之。
初，李氏据有江南，民户税钱三千已上者户出丁一人，黥面，自备器甲输官库，出即给之，日支粮二升，名为义军。既内附，皆放归农。至是，言者以为此辈久在行伍，不乐耕农，乞遣使选充军伍，并其家属送阙下。齐贤上言："江南义军，例皆良民，横遭黥配，无所逃避。克复之后，便放归农，久被皇风，并皆乐业。若逐户搜索，不无惊扰。法贵有常，政尚清净，前敕既放营农，不若且仍旧贯。"齐贤居使职，勤究民弊，务行宽大，江左人思之不忘。召还，拜枢密直学士，擢右谏议大夫、签书枢密院事。
雍熙初，迁左谏议大夫。三年，大举北伐，代州杨业战没。上访近臣以策，齐贤请行，即授给事中、知代州，与部署潘美同领缘边兵马。是时辽兵自湖谷入寇，薄城下，神卫都校马正以所部列南门外，众寡不敌，副部署卢汉赟畏懦，保壁自固。齐贤选厢军二千，出正之右，誓众慷慨，一以当百，辽兵遂却。
先是，约潘美以并师来会战，无何，间使为辽人所得。齐贤以师期既漏，且虞美众为辽所乘。既而美使至，云师出并州，至北井，得密诏，东师败绩于君子馆，并之全军不许出战，已还州矣。于时辽兵塞川，齐贤曰："贼知美之来，而不知美之退。"乃闭其使密室，中夜发兵二百，人持一帜，负一束刍，距州城西南三十里，列帜然刍。辽兵遥见火光中有旗帜，意谓并师至矣，骇而北走。齐贤先伏步兵二千于土磴砦，掩击大败之，擒其北大王之子一人，帐前舍利一人，斩数百级，获马二千、器甲甚众。捷奏，且归功汉赟。
端拱元年冬，拜工部侍郎。辽人又自大石路南侵，齐贤预简厢兵千人为二部，分屯繁畤、崞县。下令曰："代西有寇，则崞县之师应之；代东有寇，则繁畤之师应之。比接战，则郡兵集矣。"至是，果为繁畤兵所败。
二年，置屯田，领河东制置言方田都部署，入拜刑部侍郎、枢密副使。淳化二年夏，参知政事，数月，拜吏部侍郎、同中书门下平章事。齐贤母孙氏年八十余，封晋国太夫人，每人谒禁中，上叹其福寿、有令子，多手诏存问，加赐与，搢绅荣之。
初，王延德与朱贻业同掌京庾，欲求补外，贻业与参政李沆有姻娅，托之以请于沆，沆为请于齐贤，齐贤以闻。太宗以延德尝事晋邸。怒其不自陈而干祈执政，召见诘责。延德、贻业皆讳不以实对，齐贤不欲累沆，独任其责。四年六月，罢为尚书左丞。十月，命知定州，以母老不愿往，未几，丁内艰，水浆不入口者七日，自是日啖粥一器，终丧不食酒肉蔬果。寻复转礼部尚书、知河南府。时狱有大辟将决，齐贤至，立辨而释之。三日，徙知永兴军。时阁门祗候赵赞以言事得幸，提点关中刍粮，所为多豪横。齐贤论列其罪，卒抵于法。俄徙襄州，移荆南，又徙安州。逾年，加刑部尚书。
真宗即位，召拜兵部尚书、同中书门下平章事。尝从容为上言皇王之道，而推本其所以然，且言："臣受陛下非常恩，故以非常为报。"上曰："朕以为皇王之道非有迹，但庶事适治道则近之矣。"时戚里有分财不均者更相讼，又入宫自诉。齐贤曰："是非台府所能决，臣请自治。"上俞之。齐贤坐相府，召讼者问曰："汝非以彼所分财多、汝所分少乎？"曰："然。"命具款。乃召两吏，令甲家入乙舍，乙家入甲舍，货财无得动，分书则交易之。明日奏闻，上大悦曰："朕固知非君莫能定者。"郊祀，加门下侍郎。与李沆同事，不相得。坐冬至朝会被酒失仪，免相。
四年，李继迁陷清远军，命为泾、原等州军安抚经略使，以右司谏梁颢为之副。齐贤上言谓："清远军陷没以来，青冈砦烧弃之后，灵武一郡，援隔势孤，此继迁之所觊觎而必至者也。以事势言之，加讨则不足，防遏则有余。其计无他，蕃部大族首领素与继迁有隙者，若能啖以官爵，诱以货利，结之以恩信，而激之以利害，则山西之蕃部族帐，靡不倾心朝廷矣。臣所领十二州军，见二万余人，若缘边料柬本城等军，更得五万余人，招致蕃部，其数又逾十数万。但彼出则我归，东备则西击，使之奔走不暇，何能为我患哉？今灵武军民不翅六七万，陷于危亡之地，若继迁来春于我兵未举之前，发兵救援灵武，尽驱其众，并力攻围，则灵州孤城必难固守。万一失陷，贼势益增，纵多聚甲兵，广积财货，亦难保必胜矣。臣所以乞封潘罗支为六谷王而厚以金帛者，恐继迁旦暮用兵断彼卖马之路也。苟朝廷信使得达潘罗支，则泥埋等族、西南远蕃，不难招集。西南既廪命，而缘边之势张，则鄜、延、环、庆之浅蕃，原、渭、震戎之熟户，自然归化。然后使之与对替甲兵及驻泊军马互为声援，则万山闻之，必不敢于灵州、河西顿兵矣。万山既退，则贺兰蕃部亦稍稍叛继迁矣。若曰名器不可以假人，爵赏不可以滥及，此乃圣人为治之常道，非随时变易之义也。"