十八年，决山阳戚家桥，随塞。明初江南各漕，自瓜、仪至清江浦，由天妃闸入黄。后黄水内灌，潘季驯始移运口於新庄闸，纳清避黄，仍以天妃名。然口距黄、淮交会处仅二百丈，黄仍内灌，运河垫高，年年挑濬无已。兼以黄、淮会合，潆洄激荡，重运出口，危险殊甚。至是，辅议移南运口於烂泥浅之上，自新庄闸西南挑河一，至太平坝，又自文华寺永济河头起挑河一，南经七里闸，转而西南，亦接太平坝，俱远烂泥浅。引河内两渠并行，互为月河，以舒急溜，而烂泥浅一河，分十之二佐运，仍挟十之八射黄，黄不内灌，并难抵运口。由是重运过淮，扬帆直上，如履坦途。是岁开滚水坝於江都鳅鱼骨，创建宿迁、桃源、清河、安东减坝六。
十九年，创建凤阳厂减坝一，砀山毛城铺、大谷山，宿迁拦马河、归仁堤，邳州东岸马家集减坝十一。康熙初，粮艘抵宿迁，由董口北达。后董口淤塞，遂取道骆马湖。湖浅水面阔，纤缆无所施，舟泥泞不得前，挑掘舁送，宿邑骚然。辅因创开皂河四十里，上接泇河，下达黄河，漕运便之。是岁霪两，淮、黄并涨，决兴化漕堤，水入高邮治，坏泗州城郭，特筑滚坝於高邮南八里，及宝应之子婴沟。
二十年七月，黄水大涨，皂河淤淀，不能通舟。众议欲仍由骆马湖，辅力持不可，亲督挑掘丈馀，黄落清出，仍刷成河。随闭皂河口拦黄坝，於迤东龙冈岔路口至张家庄挑新河三千馀丈，使出皂河，石磡之清水尽由新河行，至张家庄入黄河，是为张庄运口。是岁增筑高邮南北滚水坝八，对坝均开越河，以防舟行之险，凡旧堤险处，皆更以石。二十二年九月，黄河由龙冈漫入，新河又淤。随於石磡筑拦黄坝，复设法疏导，旬馀，新河仍畅行。二十三年，上南巡阅河，至清口，以运口水紧，令添建石闸於清河运口。
二十五年，辅以运道经黄河，风涛险恶，自骆马湖凿渠，历宿迁、桃源至清河仲家庄出口，名曰中河。粮船北上，出清口后，行黄河数里，即入中河，直达张庄运口，以避黄河百八十里之险。议者多谓辅此功不在明陈瑄凿清口下。而按察使于成龙、漕督慕天颜先后劾辅开中河累民，上斥其阻挠。二十七年，复遣尚书张玉书、图纳，左都御史马齐等往视，亦称中河安流，舟楫甚便。但逼近黄流，不便展宽，而里运河及骆马湖之水俱入此河，窄恐难容，应於萧家渡、杨家庄、新庄各建减坝，俾水大可宣泄；仲家闸口大直恐倒灌，应向东南斜挑以避黄流。诏俟临阅时定夺。是岁大雨，中河决，淹清河民田数千顷。
明年春，上南巡，阅视河工，至宿迁支河口，谓诸臣曰：“河道关系漕运民生，地形水势，随时权变。今观此河狭隘，逼近黄岸，万一黄堤溃决，失於防御，中河、黄河将溷为一。此河开后，商民无不称便，安识日后若何？”图纳、马齐言：“臣等勘河时，正值大水，惧河隘不能容诸水，故议於迤北遥堤修减坝三，令由旧河形入海。”辅言：“臣意开此河，可束水入海，及濬毕观之，漕艘亦可行。今若加增遥堤，以保固黄河堤岸，当可无虑。”河督王新命言：“支河口止一镇口闸，微山湖诸水甚大，遇淫潦不能支，必致溃决。若於骆马湖作减坝，令涨水入黄，再修筑郯城禹王台，以御流入骆马湖之水，令注沭河，则中河无虑。”上谓可仍开支河，其黄河运道，并存不废。先是玉书等请闭拦马河，事下总河，至是新命言：“拦马河原以宣黄水异涨，似应仍留，水涨则开放，水平则闭，以免中河淤垫。至骆马湖三减坝，玉书等议留二座於堤内，减水入中河，又恐中河不能容，拟於迤东萧家渡、杨家庄、新河口量建减坝宣泄。臣谓既以中河不能容，何必留此二坝之水减入中河，复从萧家渡等处建坝，多此曲折？不若将三坝俱留遥堤外，令由旧河形入海，於萧家渡三处量留缺口二，酌水势以宣塞之为愈。郯城沭水口旧有禹王台，障遏水势，会白马河、沂河之水入骆马湖，愈觉泛溢不可遏，应於台旧基迎水处堵塞断流，令仍由故道入海。”下扈从诸臣确议。惟骆马湖减坝用玉书等原议，馀如新命言。
三十二年，直隶运河决通州李家口等五口，天津耍儿渡等八口。卫河微弱，惟恃漳为灌输，由馆陶分流济运。明隆、万间，漳北徙入滏阳河，馆陶之流遂绝。至是三十六年，忽分流，仍由馆陶入卫济运。三十八年，廷议改高邮减坝及茆家园等六坝均为滚水坝，增加高堰石工五尺。三十九年，上以清口日淤，恐误粮艘，海道运津又极艰险，拟以沙船载粮，自江下海，至黄河入海之口，运入中河，则海运不远。下河督张鹏翮筹议。鹏翮言运河决口已塞，清水又已引出，粮船当可畅达。若改载沙船，雇募水手，徒滋糜费。且由江入海，从黄河海口入中河，风涛不测，实属难行。从之。初，河督于成龙以中河南逼黄河，难以筑堤，乃自桃源盛家道口至清河，弃中河下段，改凿六十里，名曰新中河。至是，鹏翮见新中河浅狭，且盛家道口河头湾曲，輓运不顺，因於三义坝筑拦河堤，截用旧中河上段、新中河下段合为一河，重加修濬，运道称便。