延徽寺。至元六年二月，中书省奉旨，依累朝故事，起盖懿璘质班皇帝斡耳朵，置延徽寺以掌之。
规运提点所。至元六年十一月，罢太禧宗禋院隆祥使司。十二月，中书奏以宗禋院所辖会福、崇祥、隆禧、寿福四总管府，并隆祥使司，俱改为规运提点所，正五品，仍添置万宁提点所一处，并隶宣政院。
诸路宝泉都提举司，至正十年十月置。其属有鼓铸局，正七品；永利库，从七品。掌鼓铸至正铜钱，印造交钞。
徽政院。元统元年十二月，依太皇太后故事，为皇太后置徽政院，设立官属三百六十有六员。
资正院。至元六年十二月，中书省奉旨为完者忽都皇后置资正院，正二品。院使六员，同知、佥院、同佥、院判各二员。首领官：经历、都事各二员，管勾、照磨各一员。将昭功万户府司属，除已罢缮工司外，集庆路钱粮并入，有司每年验数，拨付资正院。其余司属，并付资正院领之。自后正宫皇后崩，册立完者忽都为皇后，改置崇政院。
东宫官属。至正六年四月，立皇太**傅府，以长吉等为宫傅官，时太子犹未受册宝。至九年冬，立端本堂为皇太子学宫。置谕德一员，正二品；赞善二员，正三品；文学二员，正五品；正字二员，正七品；司经二员，正七品。十三年六月，册立皇太子，定置皇太子宾客二员，正二品；左、右谕德各一员，从二品；左、右赞善各一员，从三品；文学二员，从五品；中庶子、中允各一员，从六品。
詹事院。至正十三年六月，立詹事院，罢宫傅府。置詹事三员，从一品；同知詹事二员，正二品；副詹事二员，从二品；詹事丞二员，正三品；首领官四员，中议二员，从五品；长史二员，从六品；管勾、照磨各一员，正八品；蒙古必霝赤六人，回回掾史二人，掾史十人，知印二人，怯里马赤二人，宣使十人。其属有家令司，家令二员，正三品，二员，正四品；家丞二员，正五品；典簿二员，从七品；照磨一员，正九品。有府正司，府正二员，正三品；府丞二员，正五品；典簿二员，从七品；照磨一员，正九品。有典宝监，典宝卿二员，正三品；太监二员，从三品；少监二员，从四品；监丞二员，正五品；经历一员，从七品；知事一员，从八品；照磨一员，正九品。有仪卫司，指挥二员，从四品；副二员，从五品；知事一员，从八品。十一月，置典藏库，从五品，掌收皇太子钱帛。十七年十月，置分詹事院，詹事一员，同知、副使各一员，詹事丞二员，经历一员，都事二员，照磨兼架阁一员，断事官二员，知事一员。
大抚军院。至正二十七年八月乙巳，命皇太子总天下军马。九月，皇太子置大抚军院，从一品。知院四员，同知二员，副使一员，同佥一员。首领官：经历、都事各二员，照磨兼管勾一员。二十八年闰七月，诏罢之。
大都分府。至正十八年三月，东安、漷州、柳林日有警报，京师备御四隅，俱立大都分府。其官吏数，视都府减半。
警巡院。至正十一年七月，升左、右两巡院为正五品。十八年，又于大都在城四隅各立警巡分院，官吏视本院减半。
行中书省。至正十二年正月，江西、江浙行省皆除添设平章，陕西行省除添设右丞。闰三月，置淮南江北等处行中书省于扬州，以淮西宣慰司、两淮盐运司、扬州、淮安、徐州、唐州、安丰、蕲、黄皆隶焉。除平章二员，右丞、左丞各一员，参政二员，及首领官、属官共二十五员。为头平章，兼提调镇南王傅府事。至十一月，始铸淮南江北等处行中书省印给之。是年，江浙行省添设右丞、参政，四川行省添设参政。十六年五月，置福建等处行中书省于福州，铸印设官，一如各处行省之制。以江浙行中书省平章左答纳失里、南台中丞阿鲁温沙为福建行中书省平章政事，福建闽海道廉访使庄嘉为右丞，福建元帅吴铎为左丞，司农丞讷都赤、益都路总管卓思诚为参政。以九月至福州，罢帅府，开省署。十七年九月，置山东行省，以大司农哈剌章为平章政事，铸印与之。十八年，福建行省右丞朵歹分省建宁，参政讷都赤分省泉州。二十三年三月，置广西行中书省，以廉访使也儿吉尼为平章政事。又置胶东行省于莱阳，总制东方事。二十六年八月，置福建江西等处行中书省。
行枢密院。至元三年，伯颜右丞相奏准，于四川及湖广、江西之境，及江浙，凡三处，各置行枢密院，以镇遏好乱之民。每处设知院一员，同知、佥院、院判各一员。湖广、江西二省所辖地里险远，添设同佥一员。各院经历一员，都事二员，照磨一员，客省副使一员，断事官二员，蒙古必阇赤二人，掾史六人，宣使六人，知印、怯里马赤各一人，断事官译史一人，令史二人，怯里马赤、知印各一人，奏差二人。至四年二月，遂罢之。至正十三年五月，岭北行枢密院添设断事官二员，先已设四员，共六员。又立镇抚司，除镇抚二员。立管勾所，置管勾一员，兼照磨。后又添设佥院二员、都事一员。十五年十月，置淮南江北等处行枢密院于扬州。十二月，河南行枢密院添设院判一员。十六年三月，置江浙行枢密院于杭州，知院二员，同知二员，副枢二员，佥院二员，同佥二员，院判二员。首领官：经历、知事各一员，断事官二员，经历一员。十八年，以参政崔敬为山东等处行枢密院副使，分院于漷州，兼领屯田事。十九年八月，以察罕帖木儿为河南行省平章政事，兼河南山东等处行枢密院知院。二十六年八月，置福建江西等处行枢密院。