大都、上都回回药物院二，秩从五品，掌回回药事。至元二十九年始置。至治二年，拨隶广惠司，定置达鲁花赤一员、大使二员、副使一员。
御药院，秩从五品，掌受各路乡贡、诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。至元六年始置。达鲁花赤一员，从五品；大使二员，从五品；副使三员，正七品；直长一员，都监二员。
御药局，秩从五品，掌两都行箧药饵。至元十年始置。大德九年，分立行御药局，掌行箧药物。本局但掌上都药仓之事。定置达鲁花赤一员，从五品；局使二员，从五品；副使二员，正七品。
行御药局，秩从五品。达鲁花赤一员，大使二员，副使三员，品秩同上。掌行箧药饵。大德九年始置。
御香局，秩从五品，提点一员，司令一员，掌修合御用诸香。至大元年始置。
大都惠民局，秩从五品，掌收官钱，经营出息，市药修剂，以惠贫民。中统二年始置，受太医院劄。至元十四年，定从六品秩。二十一年，升从五品。
上都惠民司，提点一员，司令一员。中统四年始置，品秩并同上。
医学提举司，秩从五品。至元九年始置。十三年罢，十四年复置。掌考校诸路医生课义，试验太医教官，校勘名医撰述文字，辨验药材，训诲太医子弟，领各处医学。提举一员，副提举一员。
官医提举司，秩从五品，掌医户差役、词讼。至元二十五年置。
大都、保定、彰德、东平四路，设提举、同提举、副提举各一员。
河间、大名、晋宁、大同、济宁、广平、冀宁、济南、辽阳、兴和十路，设提举、副提举各一员。
卫辉、怀庆、大宁，设提举一员。
奎章阁学士院，秩正二品。天历二年，立于兴圣殿西，命儒臣进经史之书，考帝王之治。大学士二员，正三品。寻升为学士院。大学士，正二品；侍书学士，从二品；承制学士，正三品；供奉学士，正四品；参书，从五品。多以它官兼领其职。至顺元年，增大学士二员，共四员。侍书学士二员，承制学士二员，供奉学士二员。首领官：参书二员，典签二员，照磨一员，内掾四人，译文内掾二人，知印二人，怯里马赤一人，宣使四人，典书五人。属官：授经郎二员。
群玉内司，秩正三品，天历二年始置，掌奎章图书宝玩，及凡常御之物。监司一员，正三品；司尉一员，从三品；亚尉一员，正四品；佥司二员，从四品；司丞二员，正五品；典簿一员，正七品；令史二人，知印一人，怯里马赤一人，奏差、典吏各二人，给使八人，司膳四人。
艺文监，秩从三品。天历二年置，专以国语敷译儒书，及儒书之合校雠者俾兼治之。大监检校书籍事二员，从三品；少监同检校书籍事二员，从四品；监丞参检校书籍事二员，从五品；典簿一员，照磨一员，令史四人，译史一人，怯里马赤一人，奏差二人，典吏三人。
监书博士，秩正五品。天历二年始置。品定书画，择朝臣之博识者为之。博士二员，正五品；书吏一人。
艺林库，秩从六品。提点一员，从六品；大使一员，副使一员，正七品；库子二人，本把二人。掌藏贮书籍。天历二年始置。
广成局，秩七品，掌传刻经籍及印造之事。天历二年始置。大使一员，从七品；副使一员，正八品；直长二人，正九品；司吏二人。
侍正府，秩正二品。至顺二年置。侍正一十四员，正二品；同知二员，正三品；参府二员，从三品；侍判二员，正四品；经历一员，从六品；都事一员，从七品；照磨一员，从八品。掌内廷近侍之事，领速古儿赤四百人、奉御二十四员，拱卫直都指挥使司为其属。掾史八人，译史四人，通事、知印各二人，宣使八人，典吏五人。
奉御二十四员，秩五品。尚冠奉御二员，从五品；尚冠副奉御二员，从六品；尚衣奉御二员，从五品；尚衣副奉御二员，从六品；尚鞶奉御二员，从五品；尚鞶副奉御二员，从六品；尚沐奉御二员，从五品；尚沐副奉御二员，从六品；尚饰兼尚辇奉御二员，正六品；尚饰兼尚辇副奉御二员，正七品；奉御掌簿四员，从七品。天历初置，以四怯薛之速古儿赤为之。
给事中，秩正四品。至元六年，始置起居注、左右补阙，掌随朝省、台、院、诸司凡奏闻之事，悉纪录之，如古左右史。十五年，改升给事中兼修起居注，左右补阙改为左右侍仪奉御兼修起居注。皇庆元年，升正三品。延祐七年，仍正四品。后定置给事中兼修起居注二员，右侍仪奉御同修起居注一员，左侍仪奉御同修起居注一员，令史一人，译史四人，通事兼知印一人。