是夏，广东九龙半岛、山东威海卫俱租借於英吉利。
秋七月甲寅，诏停新进士朝考，并罢试诗赋。赈奉天被贼各厅县灾。丙辰，诏於京师设农工商总局，以端方、徐建寅、吴懋鼎督理，并加三品卿衔。命出使大臣设侨民学堂於英、美、日本各国。丁巳，河决山东上中游，济阳等六县同时并溢。己未，诏定於九月十五日奉皇太后幸天津阅兵。移沙市关监督、荆宜施道、江陵县并驻沙市镇。壬戌，赈南阳水灾。乙丑，诏裁詹事府，通政司，大理、光禄、太仆、鸿胪诸寺，归并其事於内阁、礼、兵、刑部兼理之。裁湖北、广东、云南巡抚，以总督兼管之。河东河道总督并於河南巡抚。兼裁各省粮道、盐道。庚午，以抑格言路，首违诏旨，夺礼部尚书怀塔布、许应骙，侍郎堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等职。赏上书主事王照四品京堂。辛未，颁曾国藩州县清讼事宜及功过章程於各省，并增道府功过。谕疏导京师河道沟渠，平治道涂。谕各省实行团练。赏内阁侍读杨锐、中书林旭、刑部主事刘光第、江苏知府谭嗣同并加四品卿衔，参预新政。赈建水水灾。癸酉，罢李鸿章总理各国事务衙门行走。以裕禄为礼部尚书，在总理各国事务衙门行走。乙亥，置三、四、五品卿，三、四、五、六品学士。丙子，赈泰和水灾。丁丑，召袁世凯来京。谕曰：“国家振兴庶政，兼采西法，诚以为民立政，中西所同，而西法可补我所未及。今士大夫昧於域外之观，辄谓彼中全无条教。不知西政万端，大率主於为民开智慧，裕身家。其精者乃能淑性延寿。生人利益，推扩无遗。朕夙夜孜孜，改图百度，岂为崇尚新奇。乃眷怀赤子，皆上天所畀，祖宗所遗，非悉使之康乐和亲，未为尽职。加以各国环相陵逼，非取人之所长，不能全我之所有。朕用心至苦，而黎庶犹有未知。职由不肖官吏与守旧士夫不能广宣朕意。乃至胥动浮言，小民摇惑惊恐，山谷扶杖之民，有不获闻新政者，朕实为叹恨。今将变法之意，布告天下，使百姓咸喻朕心，共知其君之可恃。上下同心，以成新政，以强中国，朕不胜厚望焉。”谕各省撤驿站，设邮政。严米粮出口禁。
八月壬午朔，命户部编定岁出入表颁行之。谕出使大臣徵送侨民归国备任使。命袁世凯以侍郎候补，专任练兵事宜。丙戌，见日本侯爵伊藤博文、署使林权助於勤政殿。赈射洪等县水灾，略阳等县水灾雹灾。丁亥，皇太后复垂帘於便殿训政。诏以康有为结党营私，莠言乱政，褫其职，与其弟广仁皆逮下狱。有为走免。戊子，诏捕康有为与梁启超。庚寅，户部侍郎张荫桓、翰林院侍读学士徐致靖、御史杨深秀暨杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同并坐康有为党逮下狱。辛卯，上称疾，徵医天下。召荣禄来京。命逮文廷式，捕孙文。壬辰，诏复设詹事府，通政司，大理、光禄、太仆、鸿胪诸寺。禁官民擅递封章。罢时务官报。各省祠庙毋改学堂。命吏部侍郎徐用仪在总理各国事务衙门行走。癸巳，拨江漕八万石改折，备徐、海赈。赈高州水灾。甲午，杨深秀、杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同、康广仁俱处斩。谪张荫桓新疆。徐致靖禁锢。命荣禄为军机大臣。以裕禄为直隶总督兼北洋大臣。乙未，以康有为大逆不道，构煽阴谋，颁朱谕宣示臣下。罢巡幸天津阅操。命荣禄管兵部事，兼节制北洋诸军及宋庆军。丁酉，籍康有为、梁启超家。命赵舒翘会同王文韶督办矿路总局。谕苏、浙新漕运京，罢改折议。留山东新漕米石备赈。戊戌，赏袁昶三品京堂，在总理各国事务衙门行走。庚子，李端棻以滥保褫职，戍新疆。褫王照职，籍其家，逮捕。辛丑，赏前御史文悌知府。壬寅，黄遵宪以疾免，赏李盛铎四品京堂充出使日本大臣。陈宝箴以滥保夺湖南巡抚任。癸卯，诏疆臣饬吏治，培人才，开财源，修武备，举劾牧令，整齐营规。诏言责诸臣指陈国计得失，其淆乱是非事攻讦者罪之。乙巳，懿旨复乡、会试及岁、科考旧制，罢经济特科，罢农工商局。丙午，端方进所编劝善歌，诏颁行。懿旨命疆臣保卫民生，慎选循良，整饬保甲团练。凡水利蚕桑，及制造贩运，资民间利赖者，以时教导之。申联名结会之禁。授荣禄为钦差大臣。己酉，命裕禄会办芦汉等处铁路。设上海、汉口水利局。
九月辛亥朔，懿旨，一切政治关国计民生者，无论新旧，仍次第推行。建言诸臣章奏务裨时局，毋妄意揣摩。癸丑，发内帑二十万赈山东水灾。甘肃、新疆地震。丁巳，广西匪平。己未，命军机大臣会大学士及部院议治河之策。辛酉，初，强劫盗案，不分首从。至是，命枢臣暨法司详议区别。代州地震。壬戌，免陕西咸宁等处逋课。戊辰，复武乡、会试及童试旧制，惟营用武进士及投标武举令习枪炮。复置湖北、广东、云南巡抚，河东河道总督。免裁粮道等缺。己巳，命许景澄在总理各国事务衙门行走。甲戌，复刑名解勘旧制，除军务省分及情事重大者，仍就地正法，馀不准行。丙子，命胡燏棻在总理各国事务衙门行走。己卯，权停福州船厂制造。庚辰，命李鸿章往勘山东黄河。是月，赈直、陕、川、鄂、苏、滇、晋、新等各省灾。