元丰六年六月，孝惠、孝章、淑德、章怀四后升祔，准章献明肃、章懿二后，升祔礼毕，递享太庙，止行升祔享礼及祭七祀，权罢孟冬荐享，仍以配继先后为序。八年，礼部太常寺言："诏书定七世八室之制。今神宗皇帝崇祔，翼祖在七世之外，与简穆皇后祧藏于西夹室，置石室中。"十一月丁酉，祔神宗神主于第八室。自英宗上至宣祖以次升迁。绍圣元年二月，祔宣仁圣烈皇后于太庙。
元符三年，礼部太常寺言："哲宗升祔，宜如晋成帝故事，于太庙殿增一室，候祔庙日，神主祔第九室。"诏下侍从官议，皆如所言。蔡京议："以哲宗嗣神宗大统，父子相承，自当为世。今若不祧远祖，不以哲宗为世，则三昭四穆与太祖之庙而八。宜深考载籍，迁祔如礼。"陆佃、曾肇等议："国朝自僖祖而下始备七庙，故英宗祔庙，则迁顺祖，神宗祔庙，则迁翼祖。今哲宗于神宗，父子也，如礼官议，则庙中当有八世。况唐文宗即位则迁肃宗，以敬宗为一世，故事不远。哲宗祔庙，当以神宗为昭，上迁宣祖，以合古三昭三穆之义。"先是，李清臣为礼部尚书，首建增室之议，侍郎赵挺之等和之。会清臣为门下侍郎，论者多从其议，惟京、佃等议异。二议既上，清臣辩说甚力，帝迄从焉。
六月，礼部请用太庙东夹室奉安哲宗神主。太常少卿孙杰言："先帝神主，错之夹室，即是不得祔于正庙，与前诏增建一室之议不同。昨用嘉祐故事，专置使修奉，请以夹室奉安神主，亦与元置使之意相违。请如太常前议，增建一室。"尚书省以庙室未备，行礼有期，权宜升祔，随即增修，比之前代设幄行事者，不为不至。诏依初旨行之，乃祔哲宗神主于夹室。
崇宁二年，祧宣祖与昭宪皇后神主藏西夹室，居翼祖、简穆皇后石室之次。五年，诏曰："去古既远，诸儒之说不同。郑氏谓：'太祖及文、武不祧之庙与亲庙四，为七。'是不祧之宗，在七庙之内。王氏谓：'非太祖而不毁，不为常数。'是不祧之宗，在七庙之外。本朝今已五宗，则七庙当祧者，二宗而已。迁毁之礼，近及祖考，殆非先王尊祖之意，宜令有司复议。"礼官言："先王之制，庙止于七，后王以义起礼，乃有增置九庙者。"礼部尚书徐铎又言："唐之献祖、中宗、代宗与本朝僖祖，皆尝祧而复。今存宣祖于当祧之际，复翼祖于已祧之后，以备九庙，礼无不称。"乃命铎为修奉使，增太庙殿为十室。四年十二月，复翼祖、宣祖庙，行奉安礼，惟不用前期誓戒及亚、终献之乐舞焉。
高宗建炎二年，奉太庙神主于扬州寿宁寺。三年，幸杭州，奉安于温州。绍兴五年，司封郎中林待聘言："太庙神主宜在国都。今新邑未奠，当如古行师载主之义，迁之行阙，以彰圣孝。"于是始建太庙于临安，奉迎安置。