证圣元年，召拜洛州长史，寻加银青光禄大夫，封石泉县男。万岁登封元年，转并州长史，封琅邪县男。未行，迁鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事。俄转凤阁侍郎，依旧知政事。
神功元年七月，清边道大总管建安王攸宜破契丹凯还，欲以是月诣阙献俘。内史王及善以为将军入城，例有军乐，既今上孝明高皇帝忌月，请备而不奏。方庆奏曰："臣按礼经，但有忌日，而无忌月。晋穆帝纳后，用九月九日，是康帝忌月，于时持疑不定。下太常，礼官荀讷议称：'礼只有忌日，无忌月。若有忌月，即有忌时、忌岁，益无理据。'当时从讷所议。军乐是军容，与常不等，臣谓振作于事无嫌。"则天从之。则天尝幸万安山玉泉寺，以山迳危悬，欲御腰舆而上。方庆谏曰："昔汉元帝尝祭庙，出便门，御楼船，光禄勋张猛奏曰：'乘船危，就桥安。'元帝乃从桥，即前代旧事。今山径危险，石路曲狭，上瞻骇目，下视寒心，比于楼船，安危不等。陛下蒸人父母，奈何践此畏涂？伏望停舆驻跸。"则天纳其言而止。是岁，改封石泉子。
时有制，每月一日于明堂行告朔之礼。司礼博士辟闾仁谞奏议，其略曰："经史正文，无天子每月告朔之事，唯《礼记玉藻》云：'天子听朔于南门之外。'其每月告朔者，诸侯之礼也。臣谨按《礼论》及《三礼义宗》、《江都集礼》、《贞观礼》、《显庆礼》及《祠令》，无天子每月告朔之事。若以为无明堂故无告朔之礼，有明堂即合告朔，则周、秦有明堂而无天子每月告朔之事。臣等参求，既无其礼，不可习非，以天子之尊而用诸侯之礼。"方庆又奏议，其略曰："明堂，天子布政之宫也。谨按《谷梁传》云：'闰者，附月之余日，天子不以告朔。''非礼也。闰以正时，时以作事，事以厚生，生人之道，于是乎在矣。不告闰朔，弃时政也。'臣据此文，则天子闰月亦告朔矣。宁有他月而废其礼乎？先儒旧说，天子行事，一年十八度入明堂矣。大享不问卜，一入也；每月告朔，十二入也；四时迎气，四入也；巡狩之年，一入也。今礼官议唯岁首一入耳，与先儒既异，在臣不敢同。宋朝何承天纂集其文，以为《礼论》，虽加编次，事则阙如。梁代崔灵恩撰《三礼义宗》，但捃摭前儒，因循故事而已。隋炀帝命学士撰《江都集礼》，只抄撮旧礼，更无异文。《贞观》、《显庆礼》及《祠令》不言告朔者，盖为历代不传，所以其文乃阙。各有缘由，不足依据。今礼官引为明证，在臣诚实有疑。"则天又令春官广集众儒，取方庆、仁谞所奏议，以定得失。时成均博士吴扬善、太学博士郭山惲等奏："按《周礼》及《三传》，皆有天子告朔之礼，秦灭《诗》、《书》，由是告朔礼废。望依方庆议。"有制从之。
则天以方庆家多书籍，尝访求右军遗迹。方庆奏曰："臣十代从伯祖羲之书，先有四十余纸，贞观十二年，太宗购求，先臣并已进之。唯有一卷见今在。又进臣十一代祖导、十代祖洽、九代祖珣、八代祖昙首、七代祖僧绰、六代祖仲宝、五代祖骞、高祖规、曾祖褒，并九代三从伯祖晋中书令献之已下二十八人书，共十卷。"则天御武成殿示群臣，仍令中书舍人崔融为《宝章集》，以叙其事，复赐方庆，当时甚以为荣。
方庆又举："令杖'期丧、大功未葬，不预朝贺；未终丧，不预宴会。'比来朝官不遵礼法，身有哀容，陪预朝会，手舞足蹈，公违宪章，名教既亏，实玷皇化。伏望申明令式，更禁断。"从之。方庆渐以老疾，乞从闲逸，乃授麟台监修国史。及中宗立为东宫，方庆兼检校太子左庶子。
圣历二年一日，则天欲季冬讲武，有司稽缓，延入孟春。方庆上疏曰："谨按《礼记月令》：'孟冬之月，天子命将帅讲武，习射御角力。'此乃三时务农，一时讲武，以习射御，角校才力，盖王者常事，安不忘危之道也。'孟春之月，不可以称兵。'兵者，甲胄干戈之总名。兵金性，克木，春盛德在木，而举金以害盛德，逆生气。'孟春行冬令，则水潦为败，雪霜大挚，首种不入。'蔡邕《月令章句》云：'太阴新休，少阳尚微，而行冬令以导水气，故水潦至而败生物也。雪霜大挚，折阳者也。太阴干时，雨雪而霜，故大伤首种。首种，谓宿麦也，麦以秋种，故谓之首种。入，收也，春为沍寒所伤，故至夏麦不成长也。'今孟春讲武，是行冬令，以阴政犯阳气，害发生之德。臣恐水潦败物，霜雪损稼，夏麦不登，无所收入也。伏望天恩不违时令，至孟冬教习，以顺天道。"手制答曰："比为久属太平，多历年载，人皆废战，并悉学文。今者用整兵威，故令教习。卿以春行冬令，则水潦为败，举金伤木，则便害发生。循览所陈，深合典礼，若违此请，乃月令虚行。伫启直言，用依来表。"是岁，正授太子左庶子，封石泉公，余并如故，俸料同职事三品，兼侍皇太子读书。方庆又上言："谨按史籍所载，人臣与人主言及上表，未有称皇太子名者。当为太子皇储，其名尊重，不敢指斥，所以不言。晋尚书仆射山涛启事，称皇太子而不言名。涛中朝名士，必详典故，其不称名，应有凭准。朝官尚犹如此，宫臣归则不疑。今东宫殿及门名，皆有触犯，临事论启，回避甚难。孝敬皇帝为太子时，改弘教门为崇教门；沛王为皇太子，改崇贤馆为崇文馆。皆避名讳，以遵典礼。此即成例，足为轨模。伏望天恩因循旧式，付司改换。"制从之。