琼生写了二十部剧，比莎剧更复杂和深奥，话题也更狭窄。在莎剧第一对开本的序言里，琼生写道，莎士比亚“远胜于”其他剧作家，不过可能要除去琼生自己，因为他没有把自己的名字放在被莎士比亚“远胜”的名单里。琼生私下里与一位苏格兰诗人交谈时说，莎士比亚的生花妙笔太神奇，所以反倒克制一点更好。不过琼生补充说：“我和其他人一样热爱他，纪念他，崇拜他。”这是很多作家的观点：莎士比亚不是学者，却是天才的作家，他们敬佩他，甚至仰慕他。
本·琼生与莎士比亚本·琼生与莎士比亚
如果说莎剧作者不是莎士比亚，就意味着他的同时代人（他们和今天的作家一样满腹醋意、文人相轻）联合起来，疯狂地、执着地搞阴谋，抹杀了剧作者的真实身份，并且这场阴谋维持了四百年。另一种可能性是，无人知晓神秘作者的身份。若要相信这种理论，我们就得相信，剧作者极其羞怯、害怕曝光，于是把自己毕生的心血交给了一个叫莎士比亚的打零工的演员，并且无人知道这个内情。这可能吗？难道新剧写好了就定型了，直接交付剧院，不再改动吗？哪一位剧作家不想亲身到剧院、调整自己的作品，根据观众反馈来修改，希望尽善尽美呢？何况，演员是世界上最爱八卦的人，作家仅次于演员。莎士比亚所在剧团的人难道就意识不到，他，多年来剧团的明星，是个冒牌货？
上述的论证还不足以打退最坚决的莎士比亚怀疑者。莎士比亚崇拜的高潮让这些怀疑者跳了出来，其中最早一批是美国人。1857年，出生于俄亥俄州一座小木屋的教师迪莉娅·培根（Delia Bacon）出版了一部长675页的书，题为《莎剧哲学揭秘》，在其中批评斯特拉特福德的威廉·莎士比亚是个“愚蠢、无知、文盲的三流演员”。她说，莎剧的作者是伟大的文艺复兴时代博学天才弗朗西斯·培根。她的观点很费解，不过她似乎相信，培根及其圈子写了这些剧，是为了隐秘地反抗伊丽莎白女王和詹姆斯一世国王的权威。
该书出版的那一年，有人发现迪莉娅·培根在埃文河畔斯特拉特福德的莎士比亚墓地附近活动，形迹可疑。她被送进城外一家精神病院，后转入一家美国的精神病院，两年后去世。但她的追随者毫无惧色，传播她的怀疑论一直到了印度、南美和埃及。这些怀疑者包括亨利·詹姆斯、沃尔特·惠特曼和马克·吐温。
吐温在密苏里州汉尼拔市长大，他在《莎士比亚死了吗？》一书中坚持说，像威廉·莎士比亚这样的乡下孩子不可能掌握莎剧作者拥有的渊博知识。吐温的主要论点之一是，莎士比亚一定是律师，懂得《威尼斯商人》等剧表现出的伊丽莎白时代的司法程序。吐温却不想想，莎剧里满是新造的词，拉丁文和希腊文极少，更不要说极富戏剧性，这是律师能写得出来的吗？
图自《莎翁情史》图自《莎翁情史》
吐温的书里有不少毫无根据的论断。他问，既然莎士比亚是英格兰最伟大的诗人，为何没有大人物参加他的葬礼？莎士比亚仅仅是一位剧作家，晚年默默无闻地隐居到斯特拉特福德，社会地位不高。而且他的结局已经比同时代很多作家强很多了，更不要说莫里哀或莫扎特那样惨。何况，假如莎士比亚是个冒牌货，有一群密谋者要掩盖这个事实，那么他们一定会都来参加葬礼才对。按照吐温的理解，英格兰上流社会没人参加葬礼，那么一定有天大的阴谋。这样的阴谋是能长时间掩人耳目的吗？
吐温的说法贻笑大方，但他很有影响力，很多人把他的话信以为真。后来的莎士比亚怀疑者不乏名人，有西格蒙德·弗洛伊德、马尔科姆·X、查理·卓别林、奥森·威尔斯（Orson Welles），还有当代演员德里克·雅各比（Derek Jacobi）、马克·里朗斯（Mark Rylance）和杰里米·艾恩斯（Jeremy Irons）。今天，弗朗西斯·培根已经失宠了，大多数人相信牛津伯爵是真正的莎剧作者。这种理论是约翰·托马斯·鲁尼（John Thomas Looney）于1920年在《莎士比亚实为爱德华·德·维尔，第十七代牛津伯爵》一书中最早提出的。
图自《匿名者》图自《匿名者》
牛津伯爵生性莽撞，有时得宠，有时被君主厌弃。他为宫廷创作诗歌和戏剧，这些作品今天已经佚失。但没有确凿证据把他和莎士比亚联系起来，并且他死于1604年，也就是莎士比亚的十几部较晚戏剧上演之前。支持牛津伯爵的人相信，这些戏剧在他死前就开始创作，后来由其他人完成。但莎士比亚晚期戏剧的风格与早期作品迥然不同，说明它们不是在同一时期构思的；而且有几部剧是他打算离开戏剧界的时候与其他作家合作的。
有了上面这些证据，问题仍然存在：为什么有这么多严肃的人士不相信莎士比亚是莎剧的作者？
答案之一是，我们对莎士比亚生平知之甚少，所以我们很自然地想知道更多。既然没有其他史料，填补空白的唯一办法就是从作品当中寻找蛛丝马迹去了解作者。尤其在过去，几乎所有人都期望作者根据自己的经历来创作，而文学传记要求在生活与艺术之间建立联系，所以上面的情况特别常见。但在莎士比亚的时代，并不存在自传体的戏剧创作。
对在莎士比亚阴影下创作的后辈艺术家来说，“他一定不仅是伟大作家，还是伟人”的信念能帮助他们缓解“影响的焦虑”。领先于自己时代的人往往受到嫉妒。马可·波罗是另一个例子，很多人相信他并没有做过他说自己做过的事情。
有人说莎士比亚没有受过足够的教育，身份也不够高贵，所以不可能写出那些作品。这是一个硬币的两面。清教徒看不惯他为了肮脏的金钱而写作，而不是为了教育大众。势利之徒不喜欢他这样的区区平民，而不是贵族，能在英格兰历史上扮演如此重要的角色。如迪莉娅·培根所说，这些人相信，从莎剧里可以看出，作者是“带着宫廷香气的人”。