却说那日征得张居正与高仪的签名之后，高拱便把那份《陈五事疏》以内阁公本形式送呈新登基的万历皇帝。第二天，传旨太监送了一个御批出来，只短短七个字：“知道了，遵祖制。”奏稿却留中不发了。旧制：内阁送进宫中的奏折，皇上看过之后，都应发回内阁票拟，然后再由皇上“批朱”颁行。但是，作为三位顾命大臣联合签名的第一份内阁公本，却被留中不发，这不能不说是一个极为严重的政治事件。立刻，政府各部院大臣以及各路言官都知道了这件事，且都表示出强烈的不满。当然，最不满的还是高拱本人。须知《陈五事疏
》是他精心策划的驱逐冯保的第一步棋，如果一开头就是个哑炮，往后的事就更难动作了。因此，一接到中旨后，高拱便秉笔疾书，再上一疏：
臣高拱、高仪谨题：
臣等先于本月初十日恭上紧切事宜五件，仰裨新政。今日伏奉御批“朕知道了，遵祖制”。臣等窃惟五事所陈，皆是祖宗已行故事。而内中尚有节目条件。如命司礼监开揭夹鉴，尽发章奏，如五日一请见，如未蒙发拟者，容令奏请与夫通政司将封建本辞送该科记数备查等项，皆是因时处宜之事。必须明示准允，乃可行各衙门遵行。况皇上登极之日，正中外人心观望之际，臣等第一条奏即未发票，即未蒙明白允行，恐失人心之望。用是臣等不敢将本送科，仍用封上再进。伏望皇上鉴察，发下臣等拟票，臣等如有差错，自有公论。祖宗法度，其孰能容。臣等无任，仰望之至。
这第二道奏疏又作为急件送进宫中，隔一天，宫中终于发还补本到内阁拟票。高拱这一下大受鼓舞，在心中酝酿多时的草拟皇上的批语也就一挥而就了:
览卿等所奏，甚于时政有裨，具见忠荩。都依议行。
几乎就在当天，皇上的“批朱”就到了内阁，对拟票无一字修改。收到这道圣旨，高拱那颗一直悬着的心终于放了下来。他立即就此事咨文通报在京各大衙门并邸报全国各州府，与此同时，他又指示刑部礼部把各自早就写好的公本送进宫中。隔了一天，也就是今天早上，高拱坐轿子上班，刚到值房，送本太监又把这两个奏本送来内阁拟票。高拱不让送本太监离开，当着他的面，提笔拟了两道票。
刑部公本的拟票是：
览奏。妖道王九思以邪药进于先帝，惑乱圣躬，十恶不赦，三法司须从严惩处。
礼部公本的拟票是：
准奏。我朝以孝治天下，朕初承大统，理当如典行赏。
拟完票，高拱看着虽说此时才誊正但私下已练过多回的这几行狼毫小楷，心下甚为满意。吩咐文书拿了五两银子赏给传旨太监，嘱咐他把这两道拟票连本一起带回宫中，交给皇上“批朱”。然后，又派人去把韩揖、雒遵等给事中喊来会揖。
正值炎炎六月，又久日不雨，北京城里头，大街小巷窜着的都是灼人肌肤的热风，偏今儿一丝风没有。给事中坐的都是四人抬的小轿，顶着日头，轿子里燠热如同蒸笼。及至来到午门内的六科廊，个个都汗流浃背。一身绣着鹭鸶的六品夏布官服，前胸后背都浸出了汗渍。各自进了值房后，揩脸的揩脸，摇扇的摇扇，暑气还没有除尽，接了高拱的指示，又都一窝蜂随着堂差来到内阁二楼的朝房。
关于内阁与六科的关系，这还得从给事中这一官职的设制说起。太祖朱元璋立国之初，鉴于宋元两代君弱臣强，朝廷权力失控乃至崩溃的教训，加之左丞相胡惟庸谋反对他的刺激，促使他革除丞相制，把丞相之权分于六部。但如此一来，他又担心部权过重而威胁皇权，又对应六部而设六科给事中，对六部权力加以牵制及监督。这六科给事中不隶属于任何部门，直接向皇帝本人负责。如此一来，给事中不但掌握了参政议政的谏议权，还增加了监察弹劾权，朝廷文武百官无不受其监督。论官秩，六科给事中虽只有六品，但就是那些爵位至重的三公九卿，部院大臣，与之见面也得行拱手之礼。关于六科特殊的政治地位，还有一事可作佐证。政府各大衙门，都设在京城各处，惟独只有内阁与六科的公署设在紫禁城里头。一进午门，往右进会极门，是内阁；往左进归极门，是六科廊，由此可见六科言官的清贵。按先朝传下的惯例，每月的初一、十五两天，六科给事中都要到内阁和辅臣作揖见面，称为“会揖”，相当于一个互通声气的例会。只是今天这次会揖不伦不类，一是时间不对，离六月十五还差两天；二则内阁除高拱外，张居正、高仪两位辅臣均不在内阁，张居正在天寿山视察隆庆皇帝陵寝尚未回来，高仪患病在家；三则给事中也未全到，只来了七八个，都是高拱的门生，套用一句官场的话说，都是“夹袋中人物”。