当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学;科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学;政治分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流;有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健康，现今还有人说牛顿有恋母情结;有人看他对学生好，就说他有同性恋倾向……这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。
1692年，日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿，称他是“伦敦先知”，说：“牛顿的万有引力定律来自对宗教的默想，而非科学的发现……他必须撇清——如果这是科学，就不要说上帝如何如何;如果是与上帝有关的，就不要放入科学范畴。”
拜特一开炮，许多人就群起围攻牛顿。丝毫没有防备的牛顿几乎赤裸裸地站在科学的刑场上，接受无情的攻击。
1693年9月30日，牛顿写下：“我陷入极端的难过中。过去的12个月，我无心进食，也无法安稳地入睡，我心动摇，无法思考。”无情的攻击持续下去，1694年，有人中伤牛顿与女人搞不正当关系。1695年，牛顿几乎精神失常，各地都传言牛顿死了。牛顿百口莫辩，只有退出人群，他写道：“斯宾塞的《希伯来律法》一书成为我困难中的安慰。”
在英国国王出面，任命他为“英国皇家学会会长”后，这些攻击突然就消失了。
牛顿在此后数十年，根据过去两年半受中伤的经验，坚持给科学界建立“诚实的体系”，而他本身就是最好的模范。
四
牛顿晚年名满欧洲，步入老年后，他最大的乐趣就是跟小孩一起玩。一天，他对他的小侄儿讲：“我不知这个世界将来怎么看我，对我而言，我就像一个在海滩玩耍的男孩，偶然间发现了一块比较圆的石头和一枚比较漂亮的贝壳，觉得很愉快，但是在我面前，尚未被发现的石头、贝壳仍然不计其数。”
牛顿逝于1727年，晚年他写下：“在任何环境下，都要守住耶稣基督救赎的真理与最大的诫命——爱人如己。”